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xiaoaige

金虫 (正式写手)

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[求助] 碳纳米管轴向周期性的模型怎么建立？

我用的是MS软件，需要计算烷烃分子在碳管内的相变，建模遇到困难，希望大家帮忙解答下。
我参照的很多文献都是这样做的，“建立一个碳纳米管的盒子，使其在轴向具有周期性”+“碳纳米管处理为刚性原子，其原子位置固定不动”。
首先，我不知道怎样建这个碳管模型，使其在轴向具有周期性。目前，我用Amorphous Cell建了个模型，如图1，这样的碳管根本不居中，而且应该也是没有轴向周期性的。
其次，在前期计算中，我采用Modify-Constraints-Fix Cartesian position固定碳管不动，不知道这种方法是否处理正确，因为在后期计算中管内的东西全跑出来了，如图3，我们在前面大量计算已经证明管内（碳管未固定）的分子是不会跑出来的。

图1.jpg