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房然

铁虫 (小有名气)


[求助] 求助,一个bash脚本中的命令调用一个模块,然后再次输入命令的问题!!

我写了一个脚本,但是遇到了点问题:
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
#$ -cwd
#echo 'date'
#$ -o /dev/null
#$ -e /dev/null
      cd /nibs02/sbfang/SPA_maker/pre_preparation/
      parmchk -i 4d8c-1.mol2 -f mol2 -o 4d8c-1-lig.frcmod
tleap
      source leaprc.gaff
      source leaprc.ff99SB
      UNK = loadmol2 4d8c-1.mol2
      loadamberparams 4d8c-1-lig.frcmod
      saveamberparm UNK 4d8c-1-lig.promtop 4d8c-1-lig.inpcrd
      DDD = loadpdb rec.pdb
      saveAmberParm DDD 4d8c-1-rec.top 4d8c-1-rec.crd
      4d8c-1-complex = combine {DDD,UNK}
      saveAmberParm 4d8c-1-complex 4d8c-1-complex.top 4d8c-1-complex.crd
quit
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
这里面 tleap 命令打开一个新的终端
-I: Adding /opt/amber12/dat/leap/prep to search path.
-I: Adding /opt/amber12/dat/leap/lib to search path.
-I: Adding /opt/amber12/dat/leap/parm to search path.
-I: Adding /opt/amber12/dat/leap/cmd to search path.

Welcome to LEaP!
(no leaprc in search path)
>

需要在新的终端中输入它下面的命令
     > source leaprc.gaff
     >  source leaprc.ff99SB
     > UNK = loadmol2 4d8c-1.mol2
     > loadamberparams 4d8c-1-lig.frcmod
     >saveamberparm UNK 4d8c-1-lig.promtop 4d8c-1-lig.inpcrd
     > DDD = loadpdb rec.pdb
     > saveAmberParm DDD 4d8c-1-rec.top 4d8c-1-rec.crd
     > 4d8c-1-complex = combine {DDD,UNK}
     > saveAmberParm 4d8c-1-complex 4d8c-1-complex.top 4d8c-1-complex.crd

如果一条一条的输入,太麻烦,可不可以说一下,怎么用以个命令让它一气呵成跑到底呢?
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