| 查看: 4975 | 回复: 10 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
Autodock 对接结果已出，最后一步分析show interactions 时出错，求大神赐教 已有2人参与
|
||
|
对接信息：Windows 7系统，下载安装的autodock4.2.6最新版本，MGLTools 1.5.6，受体大分子下载自PDB数据库，小分子通过Chem3D生成，能量并最小化。大分子去水加全氢（查询资料有的地方说是加极性氢，手册里面的是全氢，我选择的全氢），Grid步骤选择大分子时初始化大分子正常，但提示分子中有些CA没有电荷，我直接点确定跳过了，上面两点是我觉得可能出问题的地方，后面对接步骤都正常，得到结果文件后进行 show interactions 分析，出现错误，求大神赐教。 分析结果时弹出的错误提示如下： Unable to assign HYB type to atom N Unable to assign HYB type to atom N ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **kw ) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit self.build() File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 2912, in build self.intDescr = InteractionDescriptor(lig, macro, percentCutoff) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 49, in __init__ self.build(detect_pi=detect_pi) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 60, in build self.buildCloseContactAtoms(percentCutoff) # File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 69, in buildCloseContactAtoms self.macro_atoms, percentCutoff=percentCutoff) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\distanceSelector.py", line 106, in select bigC = Numeric.resize(c, (lenC, lenC, 3)) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\numpy\core\fromnumeric.py", line 615, in resize a = concatenate( (a,)*n_copies) MemoryError |
回复此楼» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有17人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
基金不中，共勉
已经有5人回复
-
看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉……
已经有3人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有5人回复
-
我不理解！
已经有23人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有10人回复
-
系统查不到
已经有10人回复
-
怎么查啊
已经有5人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有10人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】高手求助,Autodock4 最后一步无法对接,弄了几天!
已经有7人回复
- 【求助】计算机辅助药物设计
已经有9人回复
- 【求助】求助：怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式？谢谢
已经有12人回复
fanc232
新虫 (小有名气)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 1238.4
- 散金: 206
- 红花: 3
- 帖子: 253
- 在线: 108.7小时
- 虫号: 1046781
- 注册: 2010-06-24
- 性别: MM
- 专业: 细胞生物学研究中的新方法
9楼2014-09-12 10:32:59
2楼2014-09-10 13:34:02
fanc232
新虫 (小有名气)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 1238.4
- 散金: 206
- 红花: 3
- 帖子: 253
- 在线: 108.7小时
- 虫号: 1046781
- 注册: 2010-06-24
- 性别: MM
- 专业: 细胞生物学研究中的新方法
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
limoujie1987: 金币+8 2014-09-11 14:57:21
感谢参与，应助指数 +1
limoujie1987: 金币+8 2014-09-11 14:57:21
|
受体大分子，我平时是拿SYBYL的Biopolymer模块来做受体准备的。原因是里面的界面能够对受体进行各种检查，异常的氨基酸残基能够在界面中显示，方便查看它与对接位点的距离。氨基酸残基的质子化状态和互变异构，不会以报错的形式出现，需要你自己检查。 搜索报错，http://autodock.1369657.n2.nabbl ... m-Mg-td1493897.html和http://mgl.scripps.edu/forum/viewtopic.php?f=11&t=2039都和你的挺像。看样子是加电荷的问题。Ca离子附近是不是有两个N原子啊，是不是那两个N原子没有正确地加电荷？ |
3楼2014-09-10 16:43:38
4楼2014-09-10 20:23:19
