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Autodock 对接结果已出，最后一步分析show interactions 时出错，求大神赐教 已有2人参与
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对接信息：Windows 7系统，下载安装的autodock4.2.6最新版本，MGLTools 1.5.6，受体大分子下载自PDB数据库，小分子通过Chem3D生成，能量并最小化。大分子去水加全氢（查询资料有的地方说是加极性氢，手册里面的是全氢，我选择的全氢），Grid步骤选择大分子时初始化大分子正常，但提示分子中有些CA没有电荷，我直接点确定跳过了，上面两点是我觉得可能出问题的地方，后面对接步骤都正常，得到结果文件后进行 show interactions 分析，出现错误，求大神赐教。 分析结果时弹出的错误提示如下： Unable to assign HYB type to atom N Unable to assign HYB type to atom N ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **kw ) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit self.build() File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 2912, in build self.intDescr = InteractionDescriptor(lig, macro, percentCutoff) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 49, in __init__ self.build(detect_pi=detect_pi) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 60, in build self.buildCloseContactAtoms(percentCutoff) # File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 69, in buildCloseContactAtoms self.macro_atoms, percentCutoff=percentCutoff) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\distanceSelector.py", line 106, in select bigC = Numeric.resize(c, (lenC, lenC, 3)) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\numpy\core\fromnumeric.py", line 615, in resize a = concatenate( (a,)*n_copies) MemoryError |
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4楼2014-09-10 20:23:19
2楼2014-09-10 13:34:02
fanc232
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【答案】应助回帖
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limoujie1987: 金币+8 2014-09-11 14:57:21
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limoujie1987: 金币+8 2014-09-11 14:57:21
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受体大分子，我平时是拿SYBYL的Biopolymer模块来做受体准备的。原因是里面的界面能够对受体进行各种检查，异常的氨基酸残基能够在界面中显示，方便查看它与对接位点的距离。氨基酸残基的质子化状态和互变异构，不会以报错的形式出现，需要你自己检查。 搜索报错，http://autodock.1369657.n2.nabbl ... m-Mg-td1493897.html和http://mgl.scripps.edu/forum/viewtopic.php?f=11&t=2039都和你的挺像。看样子是加电荷的问题。Ca离子附近是不是有两个N原子啊，是不是那两个N原子没有正确地加电荷？ |
3楼2014-09-10 16:43:38
5楼2014-09-11 15:30:06
