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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock 对接结果已出，最后一步分析show interactions 时出错，求大神赐教
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limoujie1987

铜虫 (初入文坛)

[求助] Autodock 对接结果已出，最后一步分析show interactions 时出错，求大神赐教 已有2人参与

对接信息：Windows 7系统，下载安装的autodock4.2.6最新版本，MGLTools 1.5.6，受体大分子下载自PDB数据库，小分子通过Chem3D生成，能量并最小化。大分子去水加全氢（查询资料有的地方说是加极性氢，手册里面的是全氢，我选择的全氢），Grid步骤选择大分子时初始化大分子正常，但提示分子中有些CA没有电荷，我直接点确定跳过了，上面两点是我觉得可能出问题的地方，后面对接步骤都正常，得到结果文件后进行 show interactions 分析，出现错误，求大神赐教。

分析结果时弹出的错误提示如下：

Unable to assign HYB type to atom N
Unable to assign HYB type to atom N
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit
    self.build()
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 2912, in build
    self.intDescr = InteractionDescriptor(lig, macro, percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 49, in __init__
    self.build(detect_pi=detect_pi)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 60, in build
    self.buildCloseContactAtoms(percentCutoff)              #
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 69, in buildCloseContactAtoms
    self.macro_atoms, percentCutoff=percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\distanceSelector.py", line 106, in select
    bigC = Numeric.resize(c, (lenC, lenC, 3))
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\numpy\core\fromnumeric.py", line 615, in resize
    a = concatenate( (a,)*n_copies)
MemoryError
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1楼 2014-09-10 08:56:10
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limoujie1987

铜虫 (初入文坛)
加全氢还是加极性氢我已经验证过了，得到的结果都出现这个错误。至于钙离子没带电应该也不是原因。极有可能是我准备大分子有些步骤出错了。有没有人能回复一下自己成功案例是怎么准备受体大分子的步骤的？
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2楼2014-09-10 13:34:02
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fanc232

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
limoujie1987: 金币+8 2014-09-11 14:57:21
受体大分子，我平时是拿SYBYL的Biopolymer模块来做受体准备的。原因是里面的界面能够对受体进行各种检查，异常的氨基酸残基能够在界面中显示，方便查看它与对接位点的距离。氨基酸残基的质子化状态和互变异构，不会以报错的形式出现，需要你自己检查。
搜索报错，http://autodock.1369657.n2.nabbl ... m-Mg-td1493897.html和http://mgl.scripps.edu/forum/viewtopic.php?f=11&t=2039都和你的挺像。看样子是加电荷的问题。Ca离子附近是不是有两个N原子啊，是不是那两个N原子没有正确地加电荷？
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我很喜欢计算机辅助药物设计
3楼2014-09-10 16:43:38
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
limoujie1987: 金币+7 2014-09-11 14:57:30
打开dlg文件，打开大分子，然后play by energy，就可以show interaction！
金属离子的事情可以通过删除金属离子，或者增加金属离子参数来完成对接
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4楼2014-09-10 20:23:19
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limoujie1987

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2014-09-10 20:23:19
打开dlg文件，打开大分子，然后play by energy，就可以show interaction！
金属离子的事情可以通过删除金属离子，或者增加金属离子参数来完成对接

忘了具体说明了，我使用的是Autodock Vina 进行的对接，所以木有生成dlg文件。苦恼啊。我觉得应该是大分子的问题。还有请问如何增加金属离子参数？我搜了一下，没找到相关方法。
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5楼2014-09-11 15:30:06
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limoujie1987

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2014-09-10 20:23:19
打开dlg文件，打开大分子，然后play by energy，就可以show interaction！
金属离子的事情可以通过删除金属离子，或者增加金属离子参数来完成对接

我找到方法给钙金属加电荷后又进行了对接，还是出现了帖子中的问题。唉，怎么办呢？
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6楼2014-09-11 18:13:26
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fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by limoujie1987 at 2014-09-11 18:13:26
我找到方法给钙金属加电荷后又进行了对接，还是出现了帖子中的问题。唉，怎么办呢？...

给钙离子加了正电荷，那么附近的受体上的原子就应该加上相应的负电荷吧。
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我很喜欢计算机辅助药物设计
7楼2014-09-11 18:21:37
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limoujie1987

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fanc232 at 2014-09-11 18:21:37
给钙离子加了正电荷，那么附近的受体上的原子就应该加上相应的负电荷吧。...

应该是这样的，我后面做的对接没有考虑到这点，我是把pdbpt文件用记事本打开然后加的电荷。如果跟钙离子连接的原子加了的话，那么紧接着的其他原子电荷也应该要跟着变化，牵一发而动全身。看来应该不是金属离子电荷的问题。
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8楼2014-09-12 09:34:30
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fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by limoujie1987 at 2014-09-12 09:34:30
应该是这样的，我后面做的对接没有考虑到这点，我是把pdbpt文件用记事本打开然后加的电荷。如果跟钙离子连接的原子加了的话，那么紧接着的其他原子电荷也应该要跟着变化，牵一发而动全身。看来应该不是金属离子电荷 ...

你手里要是有schrodinger2012软件，受体准备模块里面好像有处理金属离子的选项。大概意思是切断金属离子和受体之间的连接键并且分别加上合适的电荷。你可以试着用那个模块准备你的受体，然后试试看。
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9楼2014-09-12 10:32:59
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)
添加金属离子参数是最保险的，Autodock是开源程序，修改一下其中参数，就可以顺利完成对接
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10楼2014-09-12 13:34:38
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