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poko宝贝

木虫 (正式写手)

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[求助] MS使用forcite如何计算应力应变曲线？

最近在做聚合物的应力应变曲线，用的是MS7.0中的forcite。在小木虫上看到相关回复如下：
第一步：将无定形模型的沿某一轴（如a轴）拉长，（将a轴的长度设定为105%*a）；
第二步：进行MD平衡；
第三步：计算平衡后能量；得到5%应变时的能量；
第四步：再将a轴拉长10%重复第二和三步，得到10%应变时的能量；
第五步：重复以上步骤，就可以得到不同应变时的应力应变曲线。

我在实施的时候有几个问题，
1. 第一步里如何沿某一轴进行拉长？
2. 第二步MD平衡，使用什么系踪？
3. MD计算后没有得到应力张量，怎样得到应力张量？这也是最关键的，得不到应力张量。我的计算结果列在最后：
谢谢各位，如能解决，悬赏50金币。

Forcite
-------
Task          : Dynamics
Version       : 7.0
Build date    : Feb  2 2014
Host          : node70
Threads       : Parallel 8
Operating system : linux
Task started    : Wed Sep  3 12:01:57 2014

---- Dynamics parameters ----

Ensemble                      : NVE
Temperature                   : 298.00 K
Timestep                      : 1.00 fs
Number of steps                : 50000
Duration                      : 50 ps
Initial velocities             : Random
Random number seed             : 1409716917

---- Energy parameters ----

Forcefield                   : COMPASSII (Version 1.0)
Charges                      : Forcefield assigned
Electrostatic terms:
  Summation method             : Group based
  Cutoff distance             : 15.5 A
  Spline width                : 1 A
  Buffer width                : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method             : Group based
  Cutoff distance             : 15.5 A
  Spline width                : 1 A
  Long range correction       : YES
  Buffer width                : 0.5 A

---- Dynamics summary ----

                           Initial       Final    Average Std. Dev.
                           -------       -----    ------- ---------
Tot. energy (kcal/mol)    -195.009    -184.279    -184.489       0.423
Pot. energy (kcal/mol)    -1011.338    -657.675    -656.895    14.579
Kin. energy (kcal/mol)    816.330    473.395    472.406    14.342
Tot. enthalpy (kcal/mol) 1135.385    411.008    97.976    232.381
Temperature (K)             298.000    172.812    172.451       5.236
Pressure (GPa)                1.185       0.530       0.252       0.207
Volume (A^3)             7801.317    7801.317    7801.317       0.000
Density (g/cm^3)             0.900       0.900       0.900       0.000

Task terminated             : Wed Sep  3 12:10:36 2014
Total CPU time used by Forcite: 8:39 minutes (518.72s)

Termination status : Normal

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