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poko宝贝

木虫 (正式写手)

[求助] MS使用forcite如何计算应力应变曲线?

最近在做聚合物的应力应变曲线,用的是MS7.0中的forcite。在小木虫上看到相关回复如下:
第一步:将无定形模型的沿某一轴(如a轴)拉长,(将a轴的长度设定为105%*a);
第二步:进行MD平衡;
第三步:计算平衡后能量;得到5%应变时的能量;
第四步:再将a轴拉长10%重复第二和三步,得到10%应变时的能量;
第五步:重复以上步骤,就可以得到不同应变时的应力应变曲线。


我在实施的时候有几个问题,
1. 第一步里如何沿某一轴进行拉长?
2. 第二步MD平衡,使用什么系踪?
3. MD计算后没有得到应力张量,怎样得到应力张量?这也是最关键的,得不到应力张量。我的计算结果列在最后:
谢谢各位,如能解决,悬赏50金币。

Forcite
-------
Task             : Dynamics
Version          : 7.0
Build date       : Feb  2 2014
Host             : node70
Threads          : Parallel 8
Operating system : linux
Task started     : Wed Sep  3 12:01:57 2014

---- Dynamics parameters ----

Ensemble                        : NVE
Temperature                     : 298.00 K
Timestep                        : 1.00 fs
Number of steps                 : 50000
Duration                        : 50 ps
Initial velocities              : Random
Random number seed              : 1409716917

---- Energy parameters ----

Forcefield                      : COMPASSII (Version 1.0)
Charges                         : Forcefield assigned
Electrostatic terms:
  Summation method              : Group based
  Cutoff distance               : 15.5 A
  Spline width                  : 1 A
  Buffer width                  : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method              : Group based
  Cutoff distance               : 15.5 A
  Spline width                  : 1 A
  Long range correction         : YES
  Buffer width                  : 0.5 A


---- Dynamics summary ----

                             Initial        Final      Average    Std. Dev.
                             -------        -----      -------    ---------
Tot. energy (kcal/mol)      -195.009     -184.279     -184.489        0.423
Pot. energy (kcal/mol)     -1011.338     -657.675     -656.895       14.579
Kin. energy (kcal/mol)       816.330      473.395      472.406       14.342
Tot. enthalpy (kcal/mol)    1135.385      411.008       97.976      232.381
Temperature (K)              298.000      172.812      172.451        5.236
Pressure (GPa)                 1.185        0.530        0.252        0.207
Volume (A^3)                7801.317     7801.317     7801.317        0.000
Density (g/cm^3)               0.900        0.900        0.900        0.000




Task terminated               : Wed Sep  3 12:10:36 2014
Total CPU time used by Forcite: 8:39 minutes (518.72s)

Termination status : Normal
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QiangLv1991

新虫 (初入文坛)

我最近也在苦恼无法解决这个问题。。。
2楼2015-12-25 11:34:36
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ssandmm

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by QiangLv1991 at 2015-12-25 11:34:36
我最近也在苦恼无法解决这个问题。。。

同求,昨天看了example里的一个script,不会要学perl语言吧
3楼2018-10-05 09:00:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

分子模拟新手

新虫 (著名写手)

4楼2018-10-25 17:01:25
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本帖内容被屏蔽

5楼2020-02-11 15:28:05
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