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aini_1314

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教几个和Protein Thermal Shift( ThermoFluor)有关的问题,有对RT-PCR了解的也可以 已有2人参与

背景简介(做过的可以略过):
Protein Thermal Shift( ThermoFluor),就是测蛋白质热转变稳定性的一种技术,属于RT-PCR技术的一种衍生用法。可以高通量的对蛋白进行筛选,蛋白与配体的相互作用等。具体信息可以参见wiki百科。http://en.wikipedia.org/wiki/Thermal_Shift_Assay
A thermal shift assay, also called Differential Scanning Fluorimetry (DSF) is a thermal-denaturation assay that measures the thermal stability of a target protein and a subsequent increase in protein melting temperature upon binding of a ligand to the protein.
Life公司也推出了相关的产品:
http://www.lifetechnologies.com/ ... -thermal-shift.html
具体原理可以简单的理解为,蛋白有疏水区结构,隐藏在内部,在温度上升时,蛋白的结构会被打开,暴露出疏水区,荧光染料Sypro Orange就可以与该区域进行结合,并被激发荧光。在有配体(小分子)结合的情况下,蛋白稳定性会上升,表现为熔解温度的上升(>4℃)。
实验过程:
本实验中使用的是Bio-rad 公司的RT-PCR仪,利用CFX Manager(Data Analysis)生成的数据如图所示:
请教几个和Protein Thermal Shift( ThermoFluor)有关的问题,有对RT-PCR了解的也可以
左图为蛋白熔解曲线,右图为对温度求导曲线(负值)。
在实验中设置了对照组,即图中红色线,加入配体(小分子)后的实验曲线为绿色线。
问题1,为何实验组的熔解曲线峰值偏低?
问题2,从该熔解曲线看,是否可以认为蛋白与小分子有相互作用?
问题3(略业余),Bio-rad公司给出的分析程序为何要将导数曲线取负值?
问题4,在类似的有荧光的反应中,如果反应体系中出现沉淀,是否会造成荧光值的剧烈变化?(数量级的变化)
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陈陈陈梦

新虫 (初入文坛)

我也是新手,联系方式微信:mm05090509,希望有人一起交流

发自小木虫Android客户端
4楼2020-12-07 15:19:15
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普鲁旺斯花季

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

楼主,你好,我最近也在做这个实验。用的是BioSystems的PCR仪,做出的结果问题很大,主要是不知道选择哪一种reporter ,之前做的时候选的是ROX,其他还有 SYBR green,FAM等。想问你是具体怎么做的
一生转而得一夏,当司掌好年华
2楼2017-08-21 12:01:02
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ltxg123

新虫 (初入文坛)

你好,新手,想请教一下,做蛋白热漂移实验拿到数据之后应该怎么进行分析呢?
3楼2019-11-22 18:29:24
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陈陈陈梦

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ltxg123 at 2019-11-22 18:29:24
你好,新手,想请教一下,做蛋白热漂移实验拿到数据之后应该怎么进行分析呢?

你好,你会分析了吗

发自小木虫Android客户端
5楼2020-12-07 15:19:41
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