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请教几个和Protein Thermal Shift( ThermoFluor)有关的问题,有对RT-PCR了解的也可以 已有2人参与
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背景简介(做过的可以略过): Protein Thermal Shift( ThermoFluor),就是测蛋白质热转变稳定性的一种技术,属于RT-PCR技术的一种衍生用法。可以高通量的对蛋白进行筛选,蛋白与配体的相互作用等。具体信息可以参见wiki百科。http://en.wikipedia.org/wiki/Thermal_Shift_Assay A thermal shift assay, also called Differential Scanning Fluorimetry (DSF) is a thermal-denaturation assay that measures the thermal stability of a target protein and a subsequent increase in protein melting temperature upon binding of a ligand to the protein. Life公司也推出了相关的产品: http://www.lifetechnologies.com/ ... -thermal-shift.html 具体原理可以简单的理解为,蛋白有疏水区结构,隐藏在内部,在温度上升时,蛋白的结构会被打开,暴露出疏水区,荧光染料Sypro Orange就可以与该区域进行结合,并被激发荧光。在有配体(小分子)结合的情况下,蛋白稳定性会上升,表现为熔解温度的上升(>4℃)。 实验过程: 本实验中使用的是Bio-rad 公司的RT-PCR仪,利用CFX Manager(Data Analysis)生成的数据如图所示: 左图为蛋白熔解曲线,右图为对温度求导曲线(负值)。 在实验中设置了对照组,即图中红色线,加入配体(小分子)后的实验曲线为绿色线。 问题1,为何实验组的熔解曲线峰值偏低? 问题2,从该熔解曲线看,是否可以认为蛋白与小分子有相互作用? 问题3(略业余),Bio-rad公司给出的分析程序为何要将导数曲线取负值? 问题4,在类似的有荧光的反应中,如果反应体系中出现沉淀,是否会造成荧光值的剧烈变化?(数量级的变化) |
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