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calebby

捐助贵宾 (著名写手)

[求助] 始终有原子未指认出来,求高手指点。 已有3人参与

合成一个有机分子,但最终得到的结构与目标分子不一样,并且解析的过程checkcif始终提示有大的Q峰,请高手帮忙看下,万分感谢。我解出的数据,以及反应的投料,目标分子结构都已经打包上传,请指点。
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  • 附件 1 : y2.rar
  • 2014-08-23 17:01:40, 368.64 K

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gkmuse

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 454106649 at 2014-08-24 21:46:33
无序原子可以不加氢,这样就不会有错误了...

他的晶体数据,无序的有点奇怪,你有看我解析处理的结果吗?我只修了一部分无序比较明显的,无序部分连接的苯环,应该也是无序的,我花了十几分钟,没弄好,就限制下苯环的碳碳键长和各项同性的。

这是我第一次遇到因为无序导致键角出现问题,才会出现Short Intra H...H Contact 警告。无序如果处理好的话,是能加上氢的。
C-H
5楼2014-08-24 21:56:36
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查看全部 6 个回答

gkmuse

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
有点无序,需要用较长的时间,part 慢慢精修的。
我就只part一个碳的,应该是需要把无序的部分都part的,R值和wR2就会降低的,但这很耗时间的。

解析出来的结构和目标分子结构一致的。

看你是有机器测试的,能做低温的不? 做个低温看看,可能就会没有无序了,这样就好解析精修的。

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  • 附件 1 : ZHN20140819_Y2_0m_cifreport.pdf
  • 2014-08-23 17:55:25, 147.61 K
C-H
2楼2014-08-23 18:01:44
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gkmuse

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

新手练习,仅供参考。

Data completeness= 0.999 Theta(max)= 25.000
R(reflections)= 0.1280( 3890) wR2(reflections)= 0.3123( 5562)
S = 1.133 Npar= 430

PLAT410_ALERT_2_A Short Intra H...H Contact H3 .. H15 .. 1.60 Ang. (无序导致)
Alert level B
Crystal system given = triclinic
PLAT340_ALERT_3_B Low Bond Precision on C-C Bonds ............... 0.0112 Ang. (硬伤,无解)
PLAT410_ALERT_2_B Short Intra H...H Contact H2 .. H11 .. 1.81 Ang. (无序导致)

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  • 附件 1 : 1.7z
  • 2014-08-23 20:31:28, 1.34 M
C-H
3楼2014-08-23 20:31:35
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454106649

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by gkmuse at 2014-08-23 20:31:35
新手练习,仅供参考。

Data completeness= 0.999 Theta(max)= 25.000
R(reflections)= 0.1280( 3890) wR2(reflections)= 0.3123( 5562)
S = 1.133 Npar= 430

PLAT410_ALERT_2_A Short Intra H...H Contact  ...

无序原子可以不加氢,这样就不会有错误了
454106649@qq.com
4楼2014-08-24 21:46:33
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