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stevenkkk木虫 (小有名气)
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[求助]
Gaussian与Gromacs联用
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求助： 有点小分子需要用Gaussian算，用pop=mk得出RESP电荷后，转为Gromacs跑动力学。这个小分子不是残基，也不是小配体，它是简单的一个有机小分子，用Gromacs来研究这个小分子的动力学，比如它与水的相互作用。该怎么实现呢？ 我在Gaussian计算得到小分子的log文件，用什么方法或软件，直接生产Gromacs的起始文件，来进行动力学模拟。 我计划用OPLS-AA/L，跑与水相互作用的动力学，该分子可以加热到100多度也没问题。 |
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 gromacs |
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