应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Multiwfn » 有关生物大分子的计算，如何得到.wfn文件？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 2006  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

shuangliwang

铁杆木虫 (小有名气)

超级终结者

[求助] 有关生物大分子的计算，如何得到.wfn文件？ 已有3人参与

前段时间对生物大分子进行计算，遇到了下面的问题，请大神指教：
     1.从外文网站上下载了分子的.pdf文件
     2.导入GaussianView加氢后，输出分子的坐标。
     3.在工作站进行计算结束后，未得到所需的.wfn文件。<这一步未对分子未进行优化>
不知下步如何处理？

下面是部分输出内容：
----------------------------------------
#B3LYP/6-31G* opt density nosymm out=wfn
----------------------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,15=1,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,22=-1,28=1,31=1/1;
7/30=1/1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(2);
2/9=110,15=1/2;
99/6=1100/99;
2/9=110,15=1/2;
3/5=1,6=6,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
7/30=1/1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(-5);
2/9=110,15=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,22=-1,28=1,31=1/1;
99/6=1100,9=1/99;
------
winter
------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
N                    -15.189   -11.394   -5.715
C                    -14.637   -10.165   -5.079
C                    -13.113   -10.218   -5.11
O                    -12.497   -11.126   -4.551
C                    -15.116   -10.081   -3.629
C                    -16.617   -9.815    -3.602
O                    -17.059   -8.693    -3.848
                                .............
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV=     1091693 MaxCom=         -54
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV=     1091693 MaxCom=         -54
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
Job cpu time:  1 days  5 hours 30 minutes 51.5 seconds.
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV=     1091693 MaxCom=         -54
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV=     1091693 MaxCom=         -54
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV=     1091693 MaxCom=         -54
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
File lengths (MBytes):  RWF=  36546 Int=      0 D2E=      0 Chk=   1555 Scr=      1

谢谢！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

高斯

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
--------------------每一天，为明天！--------------------
1楼 2014-08-23 10:00:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

戴世杰

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
第一次看到用高斯算生物大分子。你在分子描述后面写了存储wfn的路径了吗？看你的输出文件，明显是内存不足出错。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-08-23 15:01:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shuangliwang

铁杆木虫 (小有名气)

超级终结者
引用回帖:
2楼: Originally posted by 戴世杰 at 2014-08-23 15:01:26
第一次看到用高斯算生物大分子。你在分子描述后面写了存储wfn的路径了吗？看你的输出文件，明显是内存不足出错。

刚接触GS没多久，所以还是知之甚少，存储的路径已经写了。感谢你耐心的回答。
赞一下 回复此楼
--------------------每一天，为明天！--------------------
3楼2014-08-23 16:43:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2014-08-23 19:48:46
shuangliwang: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-09-12 08:13:31
.wfn文件是在最后才输出的，现在SCF部分已经出错而终止了。由于你的体系是生物大分子，默认分配的内存很小，通常是不够的。用诸如%mem=5GB给程序分配足够的内存再试
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2014-08-23 18:05:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shuangliwang

铁杆木虫 (小有名气)

超级终结者
引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2014-08-23 18:05:55
.wfn文件是在最后才输出的，现在SCF部分已经出错而终止了。由于你的体系是生物大分子，默认分配的内存很小，通常是不够的。用诸如%mem=5GB给程序分配足够的内存再试

谢谢，sob姐姐的回复，我调试一下！
赞一下 回复此楼
--------------------每一天，为明天！--------------------
5楼2014-08-25 11:04:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chu5263821

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

%nprocshared=2(2核并行)
%chk=name.chk
# B3LYP/6-31G* 6D 10F SCF=Verytight output=wfn nosymm
空一行
wfn
空一行
0 1
坐标
空一行
name.wfn
赞一下(1人) 回复此楼
不悔梦归处 只恨太匆匆
6楼2014-08-27 14:25:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 shuangliwang 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 262求调剂 +3 ZZ..000 2026-03-30 3/150 2026-03-30 15:24 by michael2011
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工（085600）296求调剂 +21 稻妻小编 2026-03-26 21/1050 2026-03-30 15:19 by michael2011
[考研] 材料科学与工程调剂 +6 深V宿舍吧 2026-03-30 6/300 2026-03-30 14:56 by peike
[考研] 322求调剂 +8 宋明欣 2026-03-27 8/400 2026-03-30 13:38 by chemdavid
[考研] 材料工程专硕求调剂 +6 hyl3153942 2026-03-29 6/300 2026-03-30 12:04 by 1018329917
[考研] 296求调剂 +10 彼岸t 2026-03-29 10/500 2026-03-30 10:50 by 探123
[考研] 318求调剂 +7 陈晨79 2026-03-30 7/350 2026-03-30 10:49 by 探123
[考研] 275求调剂 +15 Micky11223 2026-03-25 20/1000 2026-03-29 20:44 by 唐沐儿
[考研] 总分293求调剂 +8 加一一九 2026-03-25 11/550 2026-03-29 19:53 by 无际的草原
[考研] 考研调剂 +7 小蜡新笔 2026-03-29 7/350 2026-03-29 19:00 by 学员8dgXkO
[考研] 340求调剂 +6 Amber00 2026-03-26 6/300 2026-03-29 12:06 by 无际的草原
[考研] 086000生物与医药调剂 +5 Feisty。 2026-03-28 9/450 2026-03-29 12:02 by longlotian
[考研] 265求调剂 +8 小木虫085600 2026-03-27 8/400 2026-03-27 22:16 by 无际的草原
[考研] 266分求材料化工冶金矿业等专业的调剂 +4 哇呼哼呼哼 2026-03-26 4/200 2026-03-27 17:02 by zhyzzh
[考研] 308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-25 7/350 2026-03-27 14:47 by 狂炫麦当当
[考研] 314求调剂 +3 溪云珂 2026-03-26 3/150 2026-03-27 11:20 by sanrepian
[考研] 286求调剂 +4 lim0922 2026-03-26 4/200 2026-03-27 10:28 by guoweigw
[考研] 07化学303求调剂 +5 睿08 2026-03-25 5/250 2026-03-25 22:46 by 418490947
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:03 by Ainin_
[考研] 085404电子信息284分求调剂 +4 13659058978 2026-03-24 4/200 2026-03-24 12:15 by syl20081243
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭