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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Multiwfn » 有关生物大分子的计算，如何得到.wfn文件？
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shuangliwang

铁杆木虫 (小有名气)

超级终结者

[求助] 有关生物大分子的计算，如何得到.wfn文件？ 已有3人参与

前段时间对生物大分子进行计算，遇到了下面的问题，请大神指教：
     1.从外文网站上下载了分子的.pdf文件
     2.导入GaussianView加氢后，输出分子的坐标。
     3.在工作站进行计算结束后，未得到所需的.wfn文件。<这一步未对分子未进行优化>
不知下步如何处理？

下面是部分输出内容：
----------------------------------------
#B3LYP/6-31G* opt density nosymm out=wfn
----------------------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,15=1,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,22=-1,28=1,31=1/1;
7/30=1/1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(2);
2/9=110,15=1/2;
99/6=1100/99;
2/9=110,15=1/2;
3/5=1,6=6,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
7/30=1/1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(-5);
2/9=110,15=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,22=-1,28=1,31=1/1;
99/6=1100,9=1/99;
------
winter
------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
N                    -15.189   -11.394   -5.715
C                    -14.637   -10.165   -5.079
C                    -13.113   -10.218   -5.11
O                    -12.497   -11.126   -4.551
C                    -15.116   -10.081   -3.629
C                    -16.617   -9.815    -3.602
O                    -17.059   -8.693    -3.848
                                .............
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV=     1091693 MaxCom=         -54
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV=     1091693 MaxCom=         -54
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
Job cpu time:  1 days  5 hours 30 minutes 51.5 seconds.
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV=     1091693 MaxCom=         -54
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV=     1091693 MaxCom=         -54
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV=     1091693 MaxCom=         -54
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
File lengths (MBytes):  RWF=  36546 Int=      0 D2E=      0 Chk=   1555 Scr=      1

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1楼 2014-08-23 10:00:37
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chu5263821

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

%nprocshared=2(2核并行)
%chk=name.chk
# B3LYP/6-31G* 6D 10F SCF=Verytight output=wfn nosymm
空一行
wfn
空一行
0 1
坐标
空一行
name.wfn
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不悔梦归处 只恨太匆匆
6楼2014-08-27 14:25:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

戴世杰

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
第一次看到用高斯算生物大分子。你在分子描述后面写了存储wfn的路径了吗？看你的输出文件，明显是内存不足出错。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-08-23 15:01:26
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shuangliwang

铁杆木虫 (小有名气)

超级终结者
引用回帖:
2楼: Originally posted by 戴世杰 at 2014-08-23 15:01:26
第一次看到用高斯算生物大分子。你在分子描述后面写了存储wfn的路径了吗？看你的输出文件，明显是内存不足出错。

刚接触GS没多久，所以还是知之甚少，存储的路径已经写了。感谢你耐心的回答。
赞一下 回复此楼
--------------------每一天，为明天！--------------------
3楼2014-08-23 16:43:32
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2014-08-23 19:48:46
shuangliwang: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-09-12 08:13:31
.wfn文件是在最后才输出的，现在SCF部分已经出错而终止了。由于你的体系是生物大分子，默认分配的内存很小，通常是不够的。用诸如%mem=5GB给程序分配足够的内存再试
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2014-08-23 18:05:55
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查看全部 6 个回答
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