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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » [求助] AUTODOCK4将dgl如何转化pdb
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jlz3278

金虫 (小有名气)

[交流] [求助] AUTODOCK4将dgl如何转化pdb

如题，AUTODOCK4将dgl如何转化pdb
先谢谢了
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1楼2008-04-11 14:52:56
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cloudsea163

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 鼓励新虫
首先将dlg转化成pdbqt，运用linux的grep命令
grep '^DOCKED' my_docking.dlg | cut -c9- > my_docking.pdbqt
然后运用cut命令将pdbqt中的电荷和原子类型去掉，就得到了pdb格式
cut -c-66 my_docking.pdbqt > my_docking.pdb
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路漫漫其修远兮，吾将上下而求索！
2楼2008-04-12 09:42:55
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jlz3278

金虫 (小有名气)
谢谢你啊，还有想问一下，怎么将*.mol转化为*.pdb格式的呢？
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3楼2008-04-12 09:48:17
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
mol -> pdb 可以用 babel / openbabel 啊
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4楼2008-04-12 11:35:28
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jlz3278

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by jlz3278 at 2008-4-12 09:48:
谢谢你啊，还有想问一下，怎么将*.mol转化为*.pdb格式的呢？

谢谢
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5楼2008-04-12 12:45:24
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montclimber

金虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
引用回帖:
Originally posted by jlz3278 at 2008-4-12 09:48:
谢谢你啊，还有想问一下，怎么将*.mol转化为*.pdb格式的呢？

Chem3D就可以.
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每天醒来都觉得不奔跑梦就要死了。
6楼2008-04-14 14:34:03
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jlz3278

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by montclimber at 2008-4-14 14:34:


Chem3D就可以.

非常感谢
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7楼2008-04-14 15:04:55
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luai071

木虫 (著名写手)
★ ★
小红豆(金币+2,VIP+0):3X！
引用回帖:
Originally posted by cloudsea163 at 2008-4-12 09:42:
首先将dlg转化成pdbqt，运用linux的grep命令
grep '^DOCKED' my_docking.dlg | cut -c9- > my_docking.pdbqt
然后运用cut命令将pdbqt中的电荷和原子类型去掉，就得到了pdb格式
cut -c-66 my_docking.pdbqt ...

好像没有这么麻烦吧，只用get-dockings name.dlg，则会在目录下自动生成name.pdb文件。
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8楼2008-04-14 15:51:35
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xd200620940

铜虫 (正式写手)
各位大虾啊
请个说下对接结束后，如何分析呢？
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9楼2008-04-14 17:29:01
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cloudsea163

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by jlz3278 at 2008-4-14 15:04:

非常感谢

运行找不到get-dockings 这个命令
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路漫漫其修远兮，吾将上下而求索！
10楼2008-04-21 15:17:01
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