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jlz3278

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[交流] [求助] AUTODOCK4将dgl如何转化pdb

如题，AUTODOCK4将dgl如何转化pdb
先谢谢了

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1楼 2008-04-11 14:52:56

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cloudsea163

金虫 (著名写手)

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★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢鼓励新虫

首先将dlg转化成pdbqt，运用linux的grep命令
grep '^DOCKED' my_docking.dlg | cut -c9- > my_docking.pdbqt
然后运用cut命令将pdbqt中的电荷和原子类型去掉，就得到了pdb格式
cut -c-66 my_docking.pdbqt > my_docking.pdb

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路漫漫其修远兮，吾将上下而求索！

2楼2008-04-12 09:42:55

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jlz3278

金虫 (小有名气)

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谢谢你啊，还有想问一下，怎么将*.mol转化为*.pdb格式的呢？

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3楼2008-04-12 09:48:17

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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

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★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢

mol -> pdb 可以用 babel / openbabel 啊

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4楼2008-04-12 11:35:28

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jlz3278

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引用回帖:

Originally posted by jlz3278 at 2008-4-12 09:48:
谢谢你啊，还有想问一下，怎么将*.mol转化为*.pdb格式的呢？

谢谢

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5楼2008-04-12 12:45:24

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montclimber

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★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢

引用回帖:

Originally posted by jlz3278 at 2008-4-12 09:48:
谢谢你啊，还有想问一下，怎么将*.mol转化为*.pdb格式的呢？

Chem3D就可以.

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每天醒来都觉得不奔跑梦就要死了。

6楼2008-04-14 14:34:03

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jlz3278

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Originally posted by montclimber at 2008-4-14 14:34:

Chem3D就可以.

非常感谢

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7楼2008-04-14 15:04:55

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luai071

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小红豆(金币+2,VIP+0):3X！

引用回帖:

Originally posted by cloudsea163 at 2008-4-12 09:42:
首先将dlg转化成pdbqt，运用linux的grep命令
grep '^DOCKED' my_docking.dlg | cut -c9- > my_docking.pdbqt
然后运用cut命令将pdbqt中的电荷和原子类型去掉，就得到了pdb格式
cut -c-66 my_docking.pdbqt ...

好像没有这么麻烦吧，只用get-dockings name.dlg，则会在目录下自动生成name.pdb文件。

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8楼2008-04-14 15:51:35

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