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jlz3278

金虫 (小有名气)

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专业: 计算生物化学

[交流] [求助] AUTODOCK4将dgl如何转化pdb

如题，AUTODOCK4将dgl如何转化pdb
先谢谢了

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1楼 2008-04-11 14:52:56

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luai071

木虫 (著名写手)

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注册: 2007-04-21
专业: 合成药物化学

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引用回帖:

Originally posted by cloudsea163 at 2008-4-12 09:42:
首先将dlg转化成pdbqt，运用linux的grep命令
grep '^DOCKED' my_docking.dlg | cut -c9- > my_docking.pdbqt
然后运用cut命令将pdbqt中的电荷和原子类型去掉，就得到了pdb格式
cut -c-66 my_docking.pdbqt ...

好像没有这么麻烦吧，只用get-dockings name.dlg，则会在目录下自动生成name.pdb文件。

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8楼2008-04-14 15:51:35

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cloudsea163

金虫 (著名写手)

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专业: 能源化工

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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢鼓励新虫

首先将dlg转化成pdbqt，运用linux的grep命令
grep '^DOCKED' my_docking.dlg | cut -c9- > my_docking.pdbqt
然后运用cut命令将pdbqt中的电荷和原子类型去掉，就得到了pdb格式
cut -c-66 my_docking.pdbqt > my_docking.pdb

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