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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » [求助] AUTODOCK4将dgl如何转化pdb
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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jlz3278

金虫 (小有名气)

[交流] [求助] AUTODOCK4将dgl如何转化pdb

如题，AUTODOCK4将dgl如何转化pdb
先谢谢了
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1楼 2008-04-11 14:52:56
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jlz3278

金虫 (小有名气)
谢谢你啊，还有想问一下，怎么将*.mol转化为*.pdb格式的呢？
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3楼2008-04-12 09:48:17
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cloudsea163

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 鼓励新虫
首先将dlg转化成pdbqt，运用linux的grep命令
grep '^DOCKED' my_docking.dlg | cut -c9- > my_docking.pdbqt
然后运用cut命令将pdbqt中的电荷和原子类型去掉，就得到了pdb格式
cut -c-66 my_docking.pdbqt > my_docking.pdb
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路漫漫其修远兮，吾将上下而求索！
2楼2008-04-12 09:42:55
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
mol -> pdb 可以用 babel / openbabel 啊
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2008-04-12 11:35:28
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jlz3278

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by jlz3278 at 2008-4-12 09:48:
谢谢你啊，还有想问一下，怎么将*.mol转化为*.pdb格式的呢？

谢谢
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5楼2008-04-12 12:45:24
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