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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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jlz3278

金虫 (小有名气)

[交流] [求助] AUTODOCK4将dgl如何转化pdb

如题,AUTODOCK4将dgl如何转化pdb
先谢谢了
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montclimber

金虫 (正式写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
引用回帖:
Originally posted by jlz3278 at 2008-4-12 09:48:
谢谢你啊,还有想问一下,怎么将*.mol转化为*.pdb格式的呢?

Chem3D就可以.
每天醒来都觉得不奔跑梦就要死了。
6楼2008-04-14 14:34:03
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cloudsea163

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 鼓励新虫
首先将dlg转化成pdbqt,运用linux的grep命令
grep '^DOCKED' my_docking.dlg | cut -c9- > my_docking.pdbqt
然后运用cut命令将pdbqt中的电荷和原子类型去掉,就得到了pdb格式
cut -c-66 my_docking.pdbqt > my_docking.pdb
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索!
2楼2008-04-12 09:42:55
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jlz3278

金虫 (小有名气)

谢谢你啊,还有想问一下,怎么将*.mol转化为*.pdb格式的呢?
3楼2008-04-12 09:48:17
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
mol -> pdb 可以用 babel / openbabel 啊
4楼2008-04-12 11:35:28
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