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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Run AutoDock 之后autodock4: creating docking log file ind.dlg，求大神指教
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Fish__bone

金虫 (小有名气)

[求助] Run AutoDock 之后autodock4: creating docking log file ind.dlg，求大神指教 已有2人参与

Run AutoDock 之后MGLTools最终只显示Running: autodock4 -p ind2.dpf
autodock4: creating docking log file ind2.dlg
并且完成后，MGLTools的对话框（2.png）中的“OK”也是可以点击的，点击之后对话框也消失了，运算也完成了，但是ind2.dlg用记事本打开后，只有autodock4: creating docking log file C:\\Users\\tommy\\ind.dlg这一行文字，没有结果
求大神指教，为我指出一条明路！

Run AutoDock 之后autodock4: creating docking log file ind.dlg，求大神指教
1.png


Run AutoDock 之后autodock4: creating docking log file ind.dlg，求大神指教-1
2.png
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1楼 2014-08-05 22:37:55
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
重新构建box，然后autogrid和autodock
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2楼2014-08-06 22:42:38
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Fish__bone

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by autodockytu at 2014-08-06 22:42:38
重新构建box，然后autogrid和autodock

autodockytu您好！那个grid box我只是设置了那个60、60、60其他的都是默认的，这其中哪里出了什么问题啊？
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3楼2014-08-07 16:21:14
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Fish__bone

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by autodockytu at 2014-08-06 22:42:38
重新构建box，然后autogrid和autodock

autodockytu您好！那个grid box我只是设置了那个60、60、60其他的都是默认的，这其中哪里出了什么问题啊？
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4楼2014-08-07 16:53:33
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Fish__bone at 2014-08-07 16:21:14
autodockytu您好！那个grid box我只是设置了那个60、60、60其他的都是默认的，这其中哪里出了什么问题啊？...

盒子的位置是否设置合理？对接的时候盒子的位置设置比较重要，直接关系你的对接结果
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5楼2014-08-07 18:40:26
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Fish__bone

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by autodockytu at 2014-08-07 18:40:26
盒子的位置是否设置合理？对接的时候盒子的位置设置比较重要，直接关系你的对接结果...

不知道是什么原因，后来我重新设置box的xyz值，第一次出现了正常的结果，按原来步骤再次试的时候就跟原来的问题一样了，不出现结果了。怎么会有这种戏剧性的变化？？
跟Run AutoDock中的program pathname、parameter pathname等路径有关系吗？？
恳请大神指教啊！！
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6楼2014-08-07 22:15:51
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Fish__bone

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by autodockytu at 2014-08-07 18:40:26
盒子的位置是否设置合理？对接的时候盒子的位置设置比较重要，直接关系你的对接结果...

大哥，在下纯学生一枚，做设计要用到这个软件，被这个问题困扰整整两个星期了，小木虫金币全数献上，请帮忙解决一下，感谢！！！
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7楼2014-08-07 22:22:31
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phaeton193

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我觉得你们应该再试试看其他的box位点
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8楼2014-08-11 20:26:27
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