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董庄青年

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR目的条带太弱 并无非特异性条带 怎样改进可以使目的产物的量加大 已有7人参与

最近做PCR很郁闷  如图: 目的条带(上面  浅浅的)太弱     引物二聚体(下面)很亮  
PCR条件优化时要么带很浅  要么没有带   最后优化成下图所示  带一直很浅  求解   先谢谢各位!!!
引物是生工刚合成的    模板是新提的   带都很亮   
PCR体系(25ul):10×buffer: 2.5ul     dNTP-MIX(10mM): 0.5ul     引物(10um):各1.5ul        模板(4kb): 1ul(150ng左右)   Tap DNA Polymerase(5U/ul):  0.5 ul   水:17.5ul
PCR程序:94℃  5min; 94℃  1min; 58℃ 1min;72℃ 6min;72℃  10min;共20个循环::cat39

PCR目的条带太弱 并无非特异性条带  怎样改进可以使目的产物的量加大
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
董庄青年: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-07-17 09:27:20
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-07-17 10:11:32
滚环PCR直接扩载体?做定点突变的吧。。
1.引物不够长,你这种PCR退火温度至少得60甚至65度以上,必须要保证你的引物和模板的高特异性,一般的说明书上都建议两步PCR。温度越低引物二聚体越多。
2.你的酶得换换了,延伸速度太慢,至少换30s/1kb的保真酶,一般的酶不能胜任这个PCR
3.你的这个PCR后期转化真正需要的并不是上面那条带,而是带缺刻的环状DNA,上面那条带属于线性指数扩增的二联体引物条带,越多越不利于你后期转化后的筛选。
4.你扩完是不是需要用甲基化识别位点的限制性内切酶处理模板啊?处理完不要纯化了,适当稀释后直接转化就好,测序的时候多挑几个转化子,会有引物二联体,甚至三联体引物的假阳性出现。
大家相互帮助哈
20楼2014-07-17 03:59:40
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zhangyunjing

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
董庄青年: 金币+1 2014-07-16 12:08:46
gyesang: 金币+2, 应助指数+1, 鼓励回帖交流! 2014-07-16 13:03:16
引物设计的不好,大部分引物都形成引物二聚体了,扩增效率肯定低,不放把引物序列传上,帮你分析一下引物的质量如何。
另外,扩增的目的条带是多大?延伸时间设置6 min,循环数20 cycles,感觉延伸时间太长,循环数偏少,可以设置到30-35 cycles。
如果你进行长片段扩增的话,有专门的长片段试剂盒,扩增效率很高的。
rainwater
2楼2014-07-16 11:35:14
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董庄青年

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangyunjing at 2014-07-16 11:35:14
引物设计的不好,大部分引物都形成引物二聚体了,扩增效率肯定低,不放把引物序列传上,帮你分析一下引物的质量如何。
另外,扩增的目的条带是多大?延伸时间设置6 min,循环数20 cycles,感觉延伸时间太长,循环数 ...

哦  我的引物是同源引物   形成二聚体是正常的  而且我的目的条带是4kd就是整个质粒的长度   以前能p出来  最近就是不行
3楼2014-07-16 12:22:21
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董庄青年

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangyunjing at 2014-07-16 11:35:14
引物设计的不好,大部分引物都形成引物二聚体了,扩增效率肯定低,不放把引物序列传上,帮你分析一下引物的质量如何。
另外,扩增的目的条带是多大?延伸时间设置6 min,循环数20 cycles,感觉延伸时间太长,循环数 ...

引物1:5’-GGAGTTGATGGTGCAGGAAATGAATTG-3’
引物2:5’-CAATTCATTTCCTGCACCATCAACTCC-3’
4楼2014-07-16 14:14:47
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