应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 请问编程计算配位数时如何处理周期性边界条件？
111/2返回列表12下一页
查看: 2042  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

baoluolove

铜虫 (小有名气)

[求助] 请问编程计算配位数时如何处理周期性边界条件？ 已有1人参与

自己按照老虎大王编程思路尝试编程计算了配位数，可是发现和文献有一定的出入，想想很有可能是没有处理周期性边界条件，请问专家们周期性边界条件如何在编程中进行处理的，十分感谢~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
我总会到达(｡•ˇ‸ˇ•｡)
1楼 2014-07-11 21:56:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
baoluolove: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-07-12 08:39:37
baoluolove: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 已经搞定啦~ 2014-07-12 09:40:07
月只蓝: 金币+3, 应助指数+1, 感谢指导！ 2014-07-16 16:34:48
Assuming the simulation box lengths along x,y,z directions are lx,ly,lz,
you want to calculate the distance between particle i and j while removing the periodic boundary conditions

This is what I did in Fortran

xij = xi - xj - nint((xi-xj)/lx)*lx
yij = yi - yj - nint((yi-yj)/ly)*ly
zij = zi - zj - nint((zi-zj)/lz)*lz
rij = sqrt(xij*xij + yij*yij + zij*zij)


nint is a fortran function that gives the nearest integer of a real number. I'm sure you can find similar functions in C++ or other programing languages.
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

baoluolove
3楼2014-07-12 00:58:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

baoluolove

铜虫 (小有名气)
专家呢~
回复此楼
我总会到达(｡•ˇ‸ˇ•｡)
2楼2014-07-11 22:13:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baoluolove

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by lsloneil at 2014-07-12 00:58:19
Assuming the simulation box lengths along x,y,z directions are lx,ly,lz,
you want to calculate the distance between particle i and j while removing the periodic boundary conditions

This is what  ...

Thanks a lot ! Great help for me !
赞一下 回复此楼
我总会到达(｡•ˇ‸ˇ•｡)
4楼2014-07-12 08:38:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ChemiAndy

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by baoluolove at 2014-07-11 02:13:59
专家呢~

会哭的孩子有奶吃
赞一下 回复此楼
5楼2014-07-16 02:10:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baoluolove

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ChemiAndy at 2014-07-16 02:10:17
会哭的孩子有奶吃

6楼2014-07-17 10:54:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baoluolove

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lsloneil at 2014-07-12 00:58:19
Assuming the simulation box lengths along x,y,z directions are lx,ly,lz,
you want to calculate the distance between particle i and j while removing the periodic boundary conditions

This is what  ...

你好，我之前用你的这种方法计算配位数，实现了我的目标，我现在同样用你的这个转换方法算键角分布函数，却与没用周期性边界条件的结果是一样的，你知道这是这怎么一回事吗
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

15216105346
我总会到达(｡•ˇ‸ˇ•｡)
7楼2014-10-08 21:20:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by baoluolove at 2014-10-08 01:20:13
你好，我之前用你的这种方法计算配位数，实现了我的目标，我现在同样用你的这个转换方法算键角分布函数，却与没用周期性边界条件的结果是一样的，你知道这是这怎么一回事吗...

我不太清楚，如果跨越盒子边界的键角并不多的话，这种情况是可能的。
赞一下 回复此楼
8楼2014-10-09 06:20:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

15216105346

金虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by baoluolove at 2014-10-08 21:20:13
你好，我之前用你的这种方法计算配位数，实现了我的目标，我现在同样用你的这个转换方法算键角分布函数，却与没用周期性边界条件的结果是一样的，你知道这是这怎么一回事吗...

美女大神你好！
你能将那个 计算配位数和键角分布函数的程序给我一份不？我也很需要，不甚感激！！
赞一下 回复此楼
9楼2015-01-31 22:22:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

HXC211

新虫 (初入文坛)
美丽的楼主公主，我为了配位数的编程已绞劲脑汁，刚学习编程、能力有限，求帮帮忙啊！
赞一下 回复此楼
10楼2017-03-21 15:00:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 baoluolove 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 情人节自我反思：在爱情中有过遗憾吗？ +5 瞬息宇宙 2026-02-15 6/300 2026-02-18 12:51 by 月下雪林
[找工作] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 i3cz6qj6l2 2026-02-17 3/150 2026-02-18 11:09 by lqtl9djx19
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 i3cz6qj6l2 2026-02-17 3/150 2026-02-18 10:54 by lqtl9djx19
[考研] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 i3cz6qj6l2 2026-02-17 3/150 2026-02-18 10:39 by lqtl9djx19
[考研] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 pnpwoqbg8f 2026-02-17 3/150 2026-02-18 08:53 by lqtl9djx19
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 pnpwoqbg8f 2026-02-17 3/150 2026-02-18 08:38 by lqtl9djx19
[找工作] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 pnpwoqbg8f 2026-02-17 4/200 2026-02-18 07:55 by lotyj5cz79
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 pnpwoqbg8f 2026-02-16 4/200 2026-02-18 07:40 by lotyj5cz79
[考研] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 pnpwoqbg8f 2026-02-16 4/200 2026-02-18 07:38 by lotyj5cz79
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 pnpwoqbg8f 2026-02-16 4/200 2026-02-18 07:23 by lotyj5cz79
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 pnpwoqbg8f 2026-02-16 4/200 2026-02-18 07:08 by lotyj5cz79
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 pnpwoqbg8f 2026-02-16 3/150 2026-02-18 06:53 by lotyj5cz79
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 pnpwoqbg8f 2026-02-17 3/150 2026-02-18 00:40 by tk2gfblvuz
[找工作] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 pnpwoqbg8f 2026-02-17 4/200 2026-02-18 00:23 by tk2gfblvuz
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 pnpwoqbg8f 2026-02-17 3/150 2026-02-17 23:40 by tk2gfblvuz
[基金申请] 基金正文30页指的是报告正文还是整个申请书 +3 successhe 2026-02-16 4/200 2026-02-17 20:56 by successhe
[基金申请] 今年春晚有几个节目很不错，点赞！ +5 瞬息宇宙 2026-02-16 6/300 2026-02-17 12:49 by jymy19840415
[微米和纳米] 球磨粉体时遇到了大的问题，请指教！ 10+3 6sbiam 2026-02-12 15/750 2026-02-16 15:03 by tgzxzqj
[基金申请] 过年走亲戚时感受到了所开私家车的鄙视链 +3 瞬息宇宙 2026-02-15 5/250 2026-02-16 14:23 by aspect3000
[硕博家园] 江汉大学解明教授课题组招博士研究生/博士后 +3 cleverlyy 2026-02-12 3/150 2026-02-12 21:02 by qsdf1
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭