| 查看: 2329 | 回复: 10 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
baoluolove铜虫 (小有名气)
|
[求助]
请问编程计算配位数时如何处理周期性边界条件？ 已有1人参与
|
|||
| 自己按照老虎大王编程思路尝试编程计算了配位数，可是发现和文献有一定的出入，想想很有可能是没有处理周期性边界条件，请问专家们周期性边界条件如何在编程中进行处理的，十分感谢~ |
回复此楼» 猜你喜欢
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有9人回复
-
看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉……
已经有6人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有6人回复
-
青基如何破局
已经有4人回复
-
基金不中，共勉
已经有8人回复
-
基金未中，这种答复是模板吗？
已经有5人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有5人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有17人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有5人回复
-
梦想
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 在有不均一介质的电场中电场是怎样分布的
已经有4人回复
- 请教 径向分布函数（ＲＤＦ） 问题
已经有12人回复
baoluolove
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 105.8
- 红花: 2
- 帖子: 134
- 在线: 43.4小时
- 虫号: 2939613
- 注册: 2014-01-19
- 性别: MM
- 专业: 玻璃材料
|
你好，我之前用你的这种方法计算配位数，实现了我的目标，我现在同样用你的这个转换方法算键角分布函数，却与没用周期性边界条件的结果是一样的，你知道这是这怎么一回事吗  |
152161053467楼2014-10-08 21:20:13
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
baoluolove: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-07-12 08:39:37
baoluolove: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 已经搞定啦~ 2014-07-12 09:40:07
月只蓝: 金币+3, 应助指数+1, 感谢指导！ 2014-07-16 16:34:48
感谢参与，应助指数 +1
baoluolove: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-07-12 08:39:37
baoluolove: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 已经搞定啦~ 2014-07-12 09:40:07
月只蓝: 金币+3, 应助指数+1, 感谢指导！ 2014-07-16 16:34:48
|
Assuming the simulation box lengths along x,y,z directions are lx,ly,lz, you want to calculate the distance between particle i and j while removing the periodic boundary conditions This is what I did in Fortran xij = xi - xj - nint((xi-xj)/lx)*lx yij = yi - yj - nint((yi-yj)/ly)*ly zij = zi - zj - nint((zi-zj)/lz)*lz rij = sqrt(xij*xij + yij*yij + zij*zij) nint is a fortran function that gives the nearest integer of a real number. I'm sure you can find similar functions in C++ or other programing languages. |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
3楼2014-07-12 00:58:19
baoluolove
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 105.8
- 红花: 2
- 帖子: 134
- 在线: 43.4小时
- 虫号: 2939613
- 注册: 2014-01-19
- 性别: MM
- 专业: 玻璃材料
4楼2014-07-12 08:38:44
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 40
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2014-07-16 02:10:17
