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baoluolove铜虫 (小有名气)
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[求助]
请问编程计算配位数时如何处理周期性边界条件？ 已有1人参与
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| 自己按照老虎大王编程思路尝试编程计算了配位数，可是发现和文献有一定的出入，想想很有可能是没有处理周期性边界条件，请问专家们周期性边界条件如何在编程中进行处理的，十分感谢~ |
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ChemiAndy
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5楼2014-07-16 02:10:17
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【答案】应助回帖
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baoluolove: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 已经搞定啦~ 2014-07-12 09:40:07
月只蓝: 金币+3, 应助指数+1, 感谢指导！ 2014-07-16 16:34:48
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月只蓝: 金币+3, 应助指数+1, 感谢指导！ 2014-07-16 16:34:48
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Assuming the simulation box lengths along x,y,z directions are lx,ly,lz, you want to calculate the distance between particle i and j while removing the periodic boundary conditions This is what I did in Fortran xij = xi - xj - nint((xi-xj)/lx)*lx yij = yi - yj - nint((yi-yj)/ly)*ly zij = zi - zj - nint((zi-zj)/lz)*lz rij = sqrt(xij*xij + yij*yij + zij*zij) nint is a fortran function that gives the nearest integer of a real number. I'm sure you can find similar functions in C++ or other programing languages. |
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baoluolove3楼2014-07-12 00:58:19
baoluolove
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