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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 请问编程计算配位数时如何处理周期性边界条件？
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baoluolove

铜虫 (小有名气)

[求助] 请问编程计算配位数时如何处理周期性边界条件？ 已有1人参与

自己按照老虎大王编程思路尝试编程计算了配位数，可是发现和文献有一定的出入，想想很有可能是没有处理周期性边界条件，请问专家们周期性边界条件如何在编程中进行处理的，十分感谢~
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我总会到达(｡•ˇ‸ˇ•｡)
1楼 2014-07-11 21:56:42
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by baoluolove at 2014-10-08 01:20:13
你好，我之前用你的这种方法计算配位数，实现了我的目标，我现在同样用你的这个转换方法算键角分布函数，却与没用周期性边界条件的结果是一样的，你知道这是这怎么一回事吗...

我不太清楚，如果跨越盒子边界的键角并不多的话，这种情况是可能的。
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8楼2014-10-09 06:20:25
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
baoluolove: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-07-12 08:39:37
baoluolove: 金币+5, ★★★★★最佳答案, 已经搞定啦~ 2014-07-12 09:40:07
月只蓝: 金币+3, 应助指数+1, 感谢指导！ 2014-07-16 16:34:48
Assuming the simulation box lengths along x,y,z directions are lx,ly,lz,
you want to calculate the distance between particle i and j while removing the periodic boundary conditions

This is what I did in Fortran

xij = xi - xj - nint((xi-xj)/lx)*lx
yij = yi - yj - nint((yi-yj)/ly)*ly
zij = zi - zj - nint((zi-zj)/lz)*lz
rij = sqrt(xij*xij + yij*yij + zij*zij)


nint is a fortran function that gives the nearest integer of a real number. I'm sure you can find similar functions in C++ or other programing languages.
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baoluolove
3楼2014-07-12 00:58:19
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baoluolove

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by lsloneil at 2014-07-12 00:58:19
Assuming the simulation box lengths along x,y,z directions are lx,ly,lz,
you want to calculate the distance between particle i and j while removing the periodic boundary conditions

This is what  ...

Thanks a lot ! Great help for me !
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我总会到达(｡•ˇ‸ˇ•｡)
4楼2014-07-12 08:38:44
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by baoluolove at 2014-07-11 02:13:59
专家呢~

会哭的孩子有奶吃
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5楼2014-07-16 02:10:17
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