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liumang12712银虫 (初入文坛)
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[求助]
关于motif的问题
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| 大家好，有谁能够给我讲讲motif吗？比如知道一个基因的蛋白序列，知道它是一个DNA binding蛋白，通过NCBI知道它有三段DNA binding位点，但是老板说让我找到这个基因的motif，然后看在这个motif的上下游有哪些基因。怎么找这个motif啊，而且怎么找到这个motif上下游的基因呢？谢谢大家啦！ |
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biofandandan
金虫 (正式写手)
- 博学EPI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1962.7
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- 虫号: 2120853
- 注册: 2012-11-12
- 性别: MM
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
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motif在线查询： http://motif.genome.jp/，这是网址，你试试 另外，PROSITE：http://cn.expasy.org/tools/scanprosite/ 是专门搜索蛋白质Motif的数据库，其中signature seqs是最重要的motif信息。 关于上下游基因的寻找，用基因组浏览器最方便了：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway 最上面一排选择好基因的信息 包括物种分类 物种名 基因组版本 位置 关键词 （后两个中随便填一个就行了） 找到你想要的基因之后，在图中你想要的基因的上点击右键 选择Get DNA for XXX(基因名) 之后会弹出一个窗口 在Sequence Retrieval Region Options下面就可以分别填写你需要的上下游序列长度其他的选项可以先默认（以后慢慢研究吧），点击最下面Get DNA就搞定了 最后是以FASTA格式输出的 右键另存为txt或者全选复制粘贴就行了 |
2楼2014-07-10 16:29:41
