| 查看: 1705 | 回复: 1 | ||
liumang12712银虫 (初入文坛)
|
[求助]
关于motif的问题
|
| 大家好，有谁能够给我讲讲motif吗？比如知道一个基因的蛋白序列，知道它是一个DNA binding蛋白，通过NCBI知道它有三段DNA binding位点，但是老板说让我找到这个基因的motif，然后看在这个motif的上下游有哪些基因。怎么找这个motif啊，而且怎么找到这个motif上下游的基因呢？谢谢大家啦！ |
回复此楼» 猜你喜欢
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
关于蛋白酶特异性断裂氨基酸序列的问题
已经有4人回复
- 序列比对软件的选择和进化树制作
已经有9人回复
- excel表中 输入公式需用多层IF函数问题
已经有5人回复
- 求Motif detection的MEME软件
已经有6人回复
- 求助文献！关于基因与酶活性中心关系以及酶活性中心测定文献
已经有5人回复
- 请教个问题，XRD衍射强度If和Iv分别是什么意思
已经有5人回复
- 【求助】关于转录因子结合点的PWM
已经有6人回复
- 【求助】ISIF设置的问题
已经有6人回复
- 【求助/交流】根据几个测出的氨基酸序列如何进行比对求motif
已经有5人回复
- 有关IFITA2011的计算机科学专刊问题
已经有7人回复
- 【分享】MEGA4的中文使用说明
已经有4人回复
- 【求助】自己写的C语言，突然想看看C++是什么，求助一下。还有C语言和C++有什么区别啊
已经有22人回复
- 【分享】蛋白质结构预测流程
已经有32人回复
- 【求助/交流】关于微阵列实验
已经有12人回复
- 生物学软件介绍及其下载地址【学生物的会很有用】
已经有24人回复
- 与药物设计有关的数据库，不知对大家有用没
已经有8人回复
- 生物信息学专题－生物版，医学版和信息科学版共同创建
已经有87人回复
biofandandan
金虫 (正式写手)
- 博学EPI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1962.7
- 散金: 46
- 红花: 5
- 沙发: 1
- 帖子: 544
- 在线: 34.2小时
- 虫号: 2120853
- 注册: 2012-11-12
- 性别: MM
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
|
motif在线查询： http://motif.genome.jp/，这是网址，你试试 另外，PROSITE：http://cn.expasy.org/tools/scanprosite/ 是专门搜索蛋白质Motif的数据库，其中signature seqs是最重要的motif信息。 关于上下游基因的寻找，用基因组浏览器最方便了：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway 最上面一排选择好基因的信息 包括物种分类 物种名 基因组版本 位置 关键词 （后两个中随便填一个就行了） 找到你想要的基因之后，在图中你想要的基因的上点击右键 选择Get DNA for XXX(基因名) 之后会弹出一个窗口 在Sequence Retrieval Region Options下面就可以分别填写你需要的上下游序列长度其他的选项可以先默认（以后慢慢研究吧），点击最下面Get DNA就搞定了 最后是以FASTA格式输出的 右键另存为txt或者全选复制粘贴就行了 |
2楼2014-07-10 16:29:41
