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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 有关LJ势，chemrate选项的问题
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shaserena

新虫 (小有名气)

[求助] 有关LJ势，chemrate选项的问题 已有1人参与

用MS Dmol3搜索完过渡态以后，利用chemrate计算Arrhenius equation里面的A n E。可是在输入反应物、过渡态的有关参数时涉及到有一栏是collision model，里面需要填写反应物、过渡态、以及两者与惰性气体间的LJ势参数sigma，epsilon。如图一：

点开compute键会出现如下图3对话框：可以用临界压力、临界温度、偏心因子计算出sigma和epsilon

点开properties，会出现图2右边对话框，需要选择反应物与惰性气体间碰撞模型，并给出参数alpha0



我的问题是：用MS Dmol3计算反应过渡态时并未涉及势的问题。这里计算Arrhenius equation里面的A n E突然让填势参数，这个势参数对计算A n E有没有影响？是否可以去除？另外惰性气体可否也去除，100%是反应物？这样就不用填这个LJ参数了吧？

如果有影响需要填的话，是如何影响的呢？分子的sigma，epsilon又是如何得来呢？以苯分子为例，可以这样算吗：sigmaC6H6=1/2*(6sigmaC+6sigmaH)，epsilonC6H6又怎么算呢？
或者有那位知道可以得到物质（比如：C6H5、C2H3之类的）的临界温度，临界压力，偏心因子的？

有关LJ势，chemrate选项的问题
1.JPG


有关LJ势，chemrate选项的问题-1
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有关LJ势，chemrate选项的问题-2
3.JPG
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xiewei娜

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1楼 2014-07-08 10:45:47
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shaserena

新虫 (小有名气)
顶起来
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2楼2014-07-08 14:27:13
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-07-16 16:26:54
纯物质的临界参数都是可以查到的，对于LJ分子势能阐述，需要从原子势能阐述累加出分子间LJ势能曲线，进而拟合得来
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泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
3楼2014-07-09 09:01:59
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shaserena

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by polypro at 2014-07-09 09:01:59
纯物质的临界参数都是可以查到的，对于LJ分子势能阐述，需要从原子势能阐述累加出分子间LJ势能曲线，进而拟合得来

"需要从原子势能阐述累加出分子间LJ势能曲线，进而拟合得来"
可否详细讲一下？
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4楼2014-07-10 09:40:44
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polypro

木虫 (正式写手)
★ ★
shaserena(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-07-16 16:27:01
引用回帖:
4楼: Originally posted by shaserena at 2014-07-10 09:40:44
"需要从原子势能阐述累加出分子间LJ势能曲线，进而拟合得来"
可否详细讲一下？...

你可以用这篇文献中的办法，比较简单直接
J Chem Theory Comput. Aug 11, 2009; 5(8): 2115–2124.
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泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
5楼2014-07-10 17:15:22
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shaserena

新虫 (小有名气)
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6楼2014-07-14 10:50:36
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shaserena

新虫 (小有名气)
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7楼2014-07-18 20:55:36
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xiewei娜

银虫 (小有名气)
送红花一朵
请问楼主知道怎么搜索outmol文件中的反应能量和能量势垒吗，有现成的数值可以直接看的吗，具体是搜索什么可以得到这两个值呢？本人刚学，好多不懂。
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8楼2015-07-11 16:08:37
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shaserena

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xiewei娜 at 2015-07-11 16:08:37
请问楼主知道怎么搜索outmol文件中的反应能量和能量势垒吗，有现成的数值可以直接看的吗，具体是搜索什么可以得到这两个值呢？本人刚学，好多不懂。

我现在不用MS了，改用高斯了早就
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9楼2015-07-14 08:37:52
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