24小时热门版块排行榜    

查看: 4010  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

shaserena

新虫 (小有名气)

[求助] 有关LJ势,chemrate选项的问题 已有1人参与

用MS Dmol3搜索完过渡态以后,利用chemrate计算Arrhenius equation里面的A n E。可是在输入反应物、过渡态的有关参数时涉及到有一栏是collision model,里面需要填写反应物、过渡态、以及两者与惰性气体间的LJ势参数sigma,epsilon。如图一:

点开compute键会出现如下图3对话框:可以用临界压力、临界温度、偏心因子计算出sigma和epsilon

点开properties,会出现图2右边对话框,需要选择反应物与惰性气体间碰撞模型,并给出参数alpha0



我的问题是:用MS Dmol3计算反应过渡态时并未涉及势的问题。这里计算Arrhenius equation里面的A n E突然让填势参数,这个势参数对计算A n E有没有影响?是否可以去除?另外惰性气体可否也去除,100%是反应物?这样就不用填这个LJ参数了吧?

如果有影响需要填的话,是如何影响的呢?分子的sigma,epsilon又是如何得来呢?以苯分子为例,可以这样算吗:sigmaC6H6=1/2*(6sigmaC+6sigmaH),epsilonC6H6又怎么算呢?
或者有那位知道可以得到物质(比如:C6H5、C2H3之类的)的临界温度,临界压力,偏心因子的?

有关LJ势,chemrate选项的问题
1.JPG


有关LJ势,chemrate选项的问题-1
2.JPG


有关LJ势,chemrate选项的问题-2
3.JPG
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

多孔材料

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polypro

木虫 (正式写手)

★ ★
shaserena(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流! 2014-07-16 16:27:01
引用回帖:
4楼: Originally posted by shaserena at 2014-07-10 09:40:44
"需要从原子势能阐述累加出分子间LJ势能曲线,进而拟合得来"
可否详细讲一下?...

你可以用这篇文献中的办法,比较简单直接
J Chem Theory Comput. Aug 11, 2009; 5(8): 2115–2124.
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
5楼2014-07-10 17:15:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流! 2014-07-16 16:26:54
纯物质的临界参数都是可以查到的,对于LJ分子势能阐述,需要从原子势能阐述累加出分子间LJ势能曲线,进而拟合得来
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
3楼2014-07-09 09:01:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shaserena

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by polypro at 2014-07-09 09:01:59
纯物质的临界参数都是可以查到的,对于LJ分子势能阐述,需要从原子势能阐述累加出分子间LJ势能曲线,进而拟合得来

"需要从原子势能阐述累加出分子间LJ势能曲线,进而拟合得来"
可否详细讲一下?
4楼2014-07-10 09:40:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiewei娜

银虫 (小有名气)

送红花一朵
请问楼主知道怎么搜索outmol文件中的反应能量和能量势垒吗,有现成的数值可以直接看的吗,具体是搜索什么可以得到这两个值呢?本人刚学,好多不懂。
8楼2015-07-11 16:08:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +5 chengyan1220 2026-08-21 5/250 2026-08-21 12:34 by gltch
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +23 yaoyewhu2008 2026-08-20 25/1250 2026-08-21 12:19 by Poppy1104
[基金申请] 什么时候开奖? +7 CrisMessi 2026-08-18 7/350 2026-08-21 12:15 by weiyin
[基金申请] 时间戳又变了 +12 wuchongjun 2026-08-20 18/900 2026-08-21 11:53 by wuchongjun
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +15 archvillain 2026-08-15 27/1350 2026-08-21 11:32 by tim76
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +15 kkkl_v 2026-08-19 16/800 2026-08-21 11:22 by 365372687
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 让我中一个面上吧! +10 大萍1987 2026-08-20 12/600 2026-08-21 09:31 by 020100099
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
信息提示
请填处理意见