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sicau_yang

金虫 (小有名气)

[求助] 做过microRNA的大神请解答 已有2人参与

我现在有一个基因,想得到调控这个基因的microRNA,请问可以通过什么方式获得呢?
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sicau_yang: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-06-26 17:47:36
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-06-27 12:03:22
预测很难有靠谱,
看你想做到什么程度,现在有一种miRNA-mRNA相互结合的鉴定方法——CLASH,
名字起得很好,把miRNA和mRNA撞到一起,一一对应的克隆,
用这种方法可以直接找到在某种环境下真切发生的miRNA-mRNA相互关系,而且还是“全面”体现的!
你可以先去看这篇paper,看看有没有你的基因,如果命好的话,
如果没有,
如果你真真想搞这个,自己去做你环境下的CLASH
如果你就想试试,去预测吧,不测白不测,虽然极有可能测了也白测,所不定可以撞到一个呢。
5楼2014-06-25 20:48:43
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pypsak

金虫 (正式写手)

shRNA或者SiRNA,或者直接敲掉
2楼2014-06-25 16:49:32
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Beryl_xu

铁虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-06-25 19:35:44
建议首先查阅一些文献,看有没有人做过该基因,如果有相关文献已经报道了它相关的miRNA,如果有人做了其他细胞的,可以参考下。
如果实验目的就是为了找特定细胞中某基因对应的miRNA,也没有相关文献报道,可以通过芯片或测序或qPCR array方法来筛miRNA.筛完之后再做验证服务。

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  • 附件 1 : 基因功能研究-20140416.pdf
  • 2014-06-25 17:20:06, 10.75 M
3楼2014-06-25 17:20:21
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sicau_yang: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-06-26 17:48:01
这个一般是通过一些软件来预测,比如target Scan,会根据你基因的3‘UTR来推测可能的microRNA,然后你挑选验证
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
4楼2014-06-25 19:39:15
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