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farfaraway08

铜虫 (著名写手)

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[交流] 关于晶体建模中出现的问题

大家好，我最近想计算一个无机化合物的性质，按照从findit中查找到该物质，然后用的是MS来分析，但是当我把该结构的cif文件导入到MS中的时候发现了一个问题，这个结构中的两个原子之间的距离离的很近，用普通的GGA+BBE的方法不能进行计算，不知道有没有人遇到过这样的情况，是不是findit中的原文件的数据有问题啊，我把图跟iscd中的数据贴上来，还请大家帮忙分析解惑，万分感谢！！！
iscd如下：
Unit Cell 5.3043(5) 9.7533(7) 15.9283(13) 90. 91.165(8) 90.
Vol       823.87
Z          4
Space Group P 1 21 1
SG Number 4
Cryst Sys monoclinic
Pearson    mP60
Wyckoff    a30
R Value    .0333
Red Cell P  5.304 9.753 15.928 90 91.165 90 823.871
Trans Red 1.000 0.000 0.000 / 0.000 1.000 0.000 / 0.000 0.000 1.000
Comments AE: Ag1-3,5,6,10,11: O3; Ag4,7,8: O4; Ag9,12: O2; Si1-4:
         O4; O1,5,12: Ag2 Si; O2,3,6-9,13: Ag3 Si; O4,11: Ag Si2;
         O10,14: Ag4 Si
         The structure has been assigned a PDF number (calculated
         powder diffraction data): 01-085-0281
         Structure type prototype : Ag6Si2O7
         Structure type : Ag6Si2O7
         X-ray diffraction from single crystal
Atom  # OX SITE    x          y          z          SOF    H
Ag 1  +1 2 a 0.73635(13) 0.29325(9)  0.81505(5)    1.       0
Ag 2  +1 2 a 0.7531(2) 0.29488(10) 0.32989(5)    1.       0
Ag 3  +1 2 a 0.75565(14) 0.04153(7)  0.70629(5)    1.       0
Ag 4  +1 2 a 0.76677(15) 0.03056(9)  0.19866(5)    1.       0
Ag 5  +1 2 a 0.70664(13) 0.81220(8)  0.07417(6)    1.       0
Ag 6  +1 2 a 0.2468(2) 0.75030(8)  0.96327(6)    1.       0
Ag 7  +1 2 a 0.74559(14) 0.27321(8)  0.54985(6)    1.       0
Ag 8  +1 2 a 0.72906(13) 0.50069(9)  0.67523(5)    1.       0
Ag 9  +1 2 a 0.67981(14) 0.51427(8)  0.17444(5)    1.       0
Ag 10 +1 2 a 0.29695(13) 0.32674(8)  0.42467(6)    1.       0
Ag 11 +1 2 a 0.25993(13) 0.51759(11) 0.56834(5)    1.       0
Ag 12 +1 2 a 0.17725(14) 0.50448(10) 0.07696(5)    1.       0
Si 1  +4 2 a 0.7408(4) 0.5439(3) 0.94054(14) 1.       0
Si 2  +4 2 a 0.2875(4) 0.2608(3) 0.1944(2)    1.       0
Si 3  +4 2 a 0.7412(4) 0.5572(3) 0.4580(2)    1.       0
Si 4  +4 2 a 0.2562(4) 0.2572(2) 0.6936(2)    1.       0
O 1  -2 2 a 0.8435(11)  0.6091(6) 1.0281(4)    1.       0
O 2  -2 2 a 0.4347(10)  0.5409(6) 0.9330(4)    1.       0
O 3  -2 2 a 0.8570(11)  0.3908(6) 0.9301(4)    1.       0
O 4  -2 2 a 0.1453(10)  0.1399(6) 0.1355(4)    1.       0
O 5  -2 2 a 0.0790(12)  0.3540(7) 0.2387(4)    1.       0
O 6  -2 2 a 0.4697(12)  0.1807(7) 0.2611(4)    1.       0
O 7  -2 2 a 0.4492(11)  0.3524(6) 0.1281(4)    1.       0
O 8  -2 2 a 0.8248(12)  0.6188(7) 0.5485(4)    1.       0
O 9  -2 2 a 0.8642(12)  0.4075(6) 0.4446(4)    1.       0
O 10 -2 2 a 0.4338(10)  0.5500(6) 0.4451(4)    1.       0
O 11 -2 2 a 0.8502(10)  0.6621(7) 0.3855(4)    1.       0
O 12 -2 2 a 0.1487(11)  0.1959(6) 0.7794(4)    1.       0
O 13 -2 2 a 0.1458(11)  0.4121(6) 0.6809(4)    1.       0
O 14 -2 2 a 0.5633(10)  0.2562(6) 0.6909(4)    1.       0
Lbl  Type    U11       U22       U33       U12       U13       U23
Ag1  Ag1+  0.0250(3) 0.0349(5) 0.0177(3) -.0010(3) 0.0019(2) -.0102(4)
Ag2  Ag1+  0.0338(4) 0.0327(5) 0.0274(4) -.0086(4) -.0009(3) -.0072(4)
Ag3  Ag1+  0.0279(3) 0.0159(3) 0.0270(4) 0.0024(2) 0.0017(3) 0.0049(3)
Ag4  Ag1+  0.0369(4) 0.0322(5) 0.0183(3) 0.0065(3) 0.0035(3) 0.0053(3)
Ag5  Ag1+  0.0218(3) 0.0169(4) 0.0413(4) 0.0030(3) 0.0054(3) -.0041(3)
Ag6  Ag1+  0.0347(4) 0.0219(4) 0.0439(5) -.0063(3) 0.0217(4) -.0122(4)
Ag7  Ag1+  0.0273(3) 0.0205(4) 0.0310(4) -.0029(3) 0.0028(3) 0.0099(3)
Ag8  Ag1+  0.0306(3) 0.0239(4) 0.0270(4) 0.0069(3) 0.0082(3) 0.0039(3)
Ag9  Ag1+  0.0315(3) 0.0211(3) 0.0228(3) -.0109(3) 0.0041(3) -.0040(3)
Ag10 Ag1+  0.0240(3) 0.0164(4) 0.0432(5) -.0033(3) 0.0044(3) 0.0042(3)
Ag11 Ag1+  0.0264(3) 0.0424(5) 0.0200(3) -.0030(4) 0.0049(3) 0.0090(4)
Ag12 Ag1+  0.0305(3) 0.0307(4) 0.0286(4) 0.0088(4) -.0029(3) 0.0056(4)
Si1  Si4+  0.0154(9) 0.0086(11)  0.0117(10)  0.0011(8) 0.0023(8) -.0015(9)
Si2  Si4+  0.0176(10)  0.0105(11)  0.0142(12)  -.0012(9) 0.0023(9) -.0040(9)
Si3  Si4+  0.0153(9) 0.0105(10)  0.0153(11)  -.0014(8) 0.0018(8) 0.0020(9)
Si4  Si4+  0.0152(10)  0.0098(11)  0.0108(11)  -.0001(8) 0.0021(8) -.0006(8)
O1 O2- 0.026(3) 0.015(3) 0.014(3) 0.003(2) -.003(2) -.006(2)
O2 O2- 0.012(2) 0.016(3) 0.027(3) -.002(2) 0.004(2) 0.002(2)
O3 O2- 0.023(3) 0.008(2) 0.017(3) 0.003(2) 0.010(2) -.001(2)
O4 O2- 0.014(2) 0.015(3) 0.018(3) -.003(2) 0.006(2) -.005(2)
O5 O2- 0.025(3) 0.025(3) 0.028(4) -.005(3) 0.011(3) -.008(3)
O6 O2- 0.034(3) 0.018(3) 0.016(3) -.008(3) -.007(3) -.001(2)
O7 O2- 0.019(2) 0.015(3) 0.015(3) 0.001(2) 0.005(2) -.003(2)
O8 O2- 0.029(3) 0.016(3) 0.018(3) 0.005(2) 0.000(2) 0.000(2)
O9 O2- 0.026(3) 0.007(2) 0.017(3) 0.000(2) 0.001(2) 0.003(2)
O10  O2- 0.018(2) 0.018(3) 0.024(3) -.007(2) 0.003(2) 0.008(3)
O11  O2- 0.014(2) 0.021(3) 0.022(3) -.002(2) 0.002(2) 0.010(3)
O12  O2- 0.021(3) 0.018(3) 0.024(3) 0.004(2) 0.006(2) 0.003(2)
O13  O2- 0.019(3) 0.017(3) 0.020(3) 0.004(2) 0.004(2) 0.000(2)
O14  O2- 0.014(2) 0.020(3) 0.017(3) 0.000(2) 0.002(2) -.005(2)
*end for ICSD #404355

图片如下

图1.jpg