应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 关于晶体建模中出现的问题
11/1返回列表
查看: 649  |  回复: 0
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

farfaraway08

铜虫 (著名写手)

[交流] 关于晶体建模中出现的问题

大家好，我最近想计算一个无机化合物的性质，按照从findit中查找到该物质，然后用的是MS来分析，但是当我把该结构的cif文件导入到MS中的时候发现了一个问题，这个结构中的两个原子之间的距离离的很近，用普通的GGA+BBE的方法不能进行计算，不知道有没有人遇到过这样的情况，是不是findit中的原文件的数据有问题啊，我把图跟iscd中的数据贴上来，还请大家帮忙分析解惑，万分感谢！！！
iscd如下：
Unit Cell   5.3043(5) 9.7533(7) 15.9283(13) 90. 91.165(8) 90.
Vol         823.87
Z           4
Space Group P 1 21 1
SG Number   4
Cryst Sys   monoclinic
Pearson     mP60
Wyckoff     a30
R Value     .0333
Red Cell    P  5.304 9.753 15.928 90 91.165 90 823.871
Trans Red   1.000 0.000 0.000 / 0.000 1.000 0.000 / 0.000 0.000 1.000
Comments    AE: Ag1-3,5,6,10,11: O3; Ag4,7,8: O4; Ag9,12: O2; Si1-4:
            O4; O1,5,12: Ag2 Si; O2,3,6-9,13: Ag3 Si; O4,11: Ag Si2;
            O10,14: Ag4 Si
            The structure has been assigned a PDF number (calculated
            powder diffraction data): 01-085-0281
            Structure type prototype : Ag6Si2O7
            Structure type : Ag6Si2O7
            X-ray diffraction from single crystal
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
Ag   1  +1    2 a   0.73635(13) 0.29325(9)  0.81505(5)     1.         0   
Ag   2  +1    2 a   0.7531(2)   0.29488(10) 0.32989(5)     1.         0   
Ag   3  +1    2 a   0.75565(14) 0.04153(7)  0.70629(5)     1.         0   
Ag   4  +1    2 a   0.76677(15) 0.03056(9)  0.19866(5)     1.         0   
Ag   5  +1    2 a   0.70664(13) 0.81220(8)  0.07417(6)     1.         0   
Ag   6  +1    2 a   0.2468(2)   0.75030(8)  0.96327(6)     1.         0   
Ag   7  +1    2 a   0.74559(14) 0.27321(8)  0.54985(6)     1.         0   
Ag   8  +1    2 a   0.72906(13) 0.50069(9)  0.67523(5)     1.         0   
Ag   9  +1    2 a   0.67981(14) 0.51427(8)  0.17444(5)     1.         0   
Ag   10 +1    2 a   0.29695(13) 0.32674(8)  0.42467(6)     1.         0   
Ag   11 +1    2 a   0.25993(13) 0.51759(11) 0.56834(5)     1.         0   
Ag   12 +1    2 a   0.17725(14) 0.50448(10) 0.07696(5)     1.         0   
Si   1  +4    2 a   0.7408(4)   0.5439(3)   0.94054(14)    1.         0   
Si   2  +4    2 a   0.2875(4)   0.2608(3)   0.1944(2)      1.         0   
Si   3  +4    2 a   0.7412(4)   0.5572(3)   0.4580(2)      1.         0   
Si   4  +4    2 a   0.2562(4)   0.2572(2)   0.6936(2)      1.         0   
O    1  -2    2 a   0.8435(11)  0.6091(6)   1.0281(4)      1.         0   
O    2  -2    2 a   0.4347(10)  0.5409(6)   0.9330(4)      1.         0   
O    3  -2    2 a   0.8570(11)  0.3908(6)   0.9301(4)      1.         0   
O    4  -2    2 a   0.1453(10)  0.1399(6)   0.1355(4)      1.         0   
O    5  -2    2 a   0.0790(12)  0.3540(7)   0.2387(4)      1.         0   
O    6  -2    2 a   0.4697(12)  0.1807(7)   0.2611(4)      1.         0   
O    7  -2    2 a   0.4492(11)  0.3524(6)   0.1281(4)      1.         0   
O    8  -2    2 a   0.8248(12)  0.6188(7)   0.5485(4)      1.         0   
O    9  -2    2 a   0.8642(12)  0.4075(6)   0.4446(4)      1.         0   
O    10 -2    2 a   0.4338(10)  0.5500(6)   0.4451(4)      1.         0   
O    11 -2    2 a   0.8502(10)  0.6621(7)   0.3855(4)      1.         0   
O    12 -2    2 a   0.1487(11)  0.1959(6)   0.7794(4)      1.         0   
O    13 -2    2 a   0.1458(11)  0.4121(6)   0.6809(4)      1.         0   
O    14 -2    2 a   0.5633(10)  0.2562(6)   0.6909(4)      1.         0   
Lbl  Type      U11         U22         U33         U12         U13         U23
Ag1  Ag1+  0.0250(3)   0.0349(5)   0.0177(3)   -.0010(3)   0.0019(2)   -.0102(4)   
Ag2  Ag1+  0.0338(4)   0.0327(5)   0.0274(4)   -.0086(4)   -.0009(3)   -.0072(4)   
Ag3  Ag1+  0.0279(3)   0.0159(3)   0.0270(4)   0.0024(2)   0.0017(3)   0.0049(3)   
Ag4  Ag1+  0.0369(4)   0.0322(5)   0.0183(3)   0.0065(3)   0.0035(3)   0.0053(3)   
Ag5  Ag1+  0.0218(3)   0.0169(4)   0.0413(4)   0.0030(3)   0.0054(3)   -.0041(3)   
Ag6  Ag1+  0.0347(4)   0.0219(4)   0.0439(5)   -.0063(3)   0.0217(4)   -.0122(4)   
Ag7  Ag1+  0.0273(3)   0.0205(4)   0.0310(4)   -.0029(3)   0.0028(3)   0.0099(3)   
Ag8  Ag1+  0.0306(3)   0.0239(4)   0.0270(4)   0.0069(3)   0.0082(3)   0.0039(3)   
Ag9  Ag1+  0.0315(3)   0.0211(3)   0.0228(3)   -.0109(3)   0.0041(3)   -.0040(3)   
Ag10 Ag1+  0.0240(3)   0.0164(4)   0.0432(5)   -.0033(3)   0.0044(3)   0.0042(3)   
Ag11 Ag1+  0.0264(3)   0.0424(5)   0.0200(3)   -.0030(4)   0.0049(3)   0.0090(4)   
Ag12 Ag1+  0.0305(3)   0.0307(4)   0.0286(4)   0.0088(4)   -.0029(3)   0.0056(4)   
Si1  Si4+  0.0154(9)   0.0086(11)  0.0117(10)  0.0011(8)   0.0023(8)   -.0015(9)   
Si2  Si4+  0.0176(10)  0.0105(11)  0.0142(12)  -.0012(9)   0.0023(9)   -.0040(9)   
Si3  Si4+  0.0153(9)   0.0105(10)  0.0153(11)  -.0014(8)   0.0018(8)   0.0020(9)   
Si4  Si4+  0.0152(10)  0.0098(11)  0.0108(11)  -.0001(8)   0.0021(8)   -.0006(8)   
O1   O2-   0.026(3)    0.015(3)    0.014(3)    0.003(2)    -.003(2)    -.006(2)   
O2   O2-   0.012(2)    0.016(3)    0.027(3)    -.002(2)    0.004(2)    0.002(2)   
O3   O2-   0.023(3)    0.008(2)    0.017(3)    0.003(2)    0.010(2)    -.001(2)   
O4   O2-   0.014(2)    0.015(3)    0.018(3)    -.003(2)    0.006(2)    -.005(2)   
O5   O2-   0.025(3)    0.025(3)    0.028(4)    -.005(3)    0.011(3)    -.008(3)   
O6   O2-   0.034(3)    0.018(3)    0.016(3)    -.008(3)    -.007(3)    -.001(2)   
O7   O2-   0.019(2)    0.015(3)    0.015(3)    0.001(2)    0.005(2)    -.003(2)   
O8   O2-   0.029(3)    0.016(3)    0.018(3)    0.005(2)    0.000(2)    0.000(2)   
O9   O2-   0.026(3)    0.007(2)    0.017(3)    0.000(2)    0.001(2)    0.003(2)   
O10  O2-   0.018(2)    0.018(3)    0.024(3)    -.007(2)    0.003(2)    0.008(3)   
O11  O2-   0.014(2)    0.021(3)    0.022(3)    -.002(2)    0.002(2)    0.010(3)   
O12  O2-   0.021(3)    0.018(3)    0.024(3)    0.004(2)    0.006(2)    0.003(2)   
O13  O2-   0.019(3)    0.017(3)    0.020(3)    0.004(2)    0.004(2)    0.000(2)   
O14  O2-   0.014(2)    0.020(3)    0.017(3)    0.000(2)    0.002(2)    -.005(2)   
*end for    ICSD #404355


图片如下

关于晶体建模中出现的问题
图1.jpg


关于晶体建模中出现的问题-1
局部放大图1（可以看到蓝色的跟黄色的有相连的情况出现）.jpg

[ Last edited by liliangfang on 2014-6-29 at 17:52 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2014-06-23 08:46:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~

科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
相关版块跳转 我要订阅楼主 farfaraway08 的主题更新
11/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +9 小聂爱学习 2026-04-11 13/650 2026-04-14 19:18 by Art1977
[考研] 335求调剂 +19 想上岸呀！！ 2026-04-12 21/1050 2026-04-14 16:23 by Art1977
[考研] 366求调剂 +11 不知名的小卅 2026-04-11 11/550 2026-04-14 15:50 by zs92450
[考研] 考研求调剂 +6 ban班小七 2026-04-11 6/300 2026-04-14 14:06 by 哆啦A梦只是个梦
[考研] 人工智能320调剂08工类还有机会吗 +18 振—TZ 2026-04-10 19/950 2026-04-14 10:34 by screening
[考研] 求调剂 +12 璃茉一定上岸 2026-04-10 13/650 2026-04-14 00:08 by Equinoxhua
[考研] 本科西工大 324求调剂 +5 wysyjs25 2026-04-10 5/250 2026-04-13 23:08 by pies112
[考研] 一志愿085802 323分求调剂 +13 drizzle_9 2026-04-12 14/700 2026-04-13 10:26 by Faiz5552
[考研] 307求调剂 +10 tzq94092 2026-04-10 10/500 2026-04-12 08:18 by wise999
[考研] 一志愿厦大0856，306求调剂 +15 Bblinging 2026-04-11 15/750 2026-04-11 22:53 by 314126402
[考研] 调剂 +10 只叙离别辞 2026-04-09 12/600 2026-04-11 20:57 by 逆水乘风
[考研] 086003调剂求助 +21 苏弋万 2026-04-09 22/1100 2026-04-11 20:25 by dongdian1
[考研] 电子信息279求调剂，有书读就行 +8 wwwooden 2026-04-08 11/550 2026-04-11 20:22 by cq2548
[考研] 广东省 085601 329分求调剂 +14 Eddieddd 2026-04-10 14/700 2026-04-11 09:58 by bljnqdcc
[考研] 22408 327分求调剂 +4 韵风kon 2026-04-10 4/200 2026-04-11 09:51 by 猪会飞
[考研] 298求调剂 +13 钉叮咚冬瓜 2026-04-09 13/650 2026-04-10 15:49 by jiajinhpu
[考研] 一志愿华东师范生物学326分，求调剂 +8 刘墨墨 2026-04-09 8/400 2026-04-10 12:00 by pengliang8036
[论文投稿] 求助文献原文 10+3 18500821399 2026-04-08 3/150 2026-04-09 16:56 by 北京莱茵润色
[考研] 0860004 求调剂 309分 +6 Yin DY 2026-04-09 6/300 2026-04-09 10:19 by 啊李999
[考研] 085404，334分，求调剂 +5 sunjie8888 2026-04-08 8/400 2026-04-09 07:26 by sunjie8888
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭