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提交castep任务的pbs文件求助
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求助1：小弟的MS6.0前几天不知道什么原因通过gateway提交任务，刚提交上去就提示launch failure， 服务器端gateway和windows 服务里面的gateway肯定打开的，licence也没问题，防火墙也是关闭的，不知道是什么原因。 求助2：小弟为了能继续使用，想通过RunCASTEP.sh提交任务，但是结果也很不理想，我用的作业管理系统是torque，但是用 RunCASTEP -q xxx -np xx basename1 basename2提交任务的时候 -q后面不知道填什么，老是提交不上，如果索性不用-q的话提交的任务算下来总是有问题。 求助3： 为了能继续使用，我又试了pbs提交任务，用的教程是http://muchong.com/html/201207/4702095.html，我模仿其中的pbs文件写了一个sh文件一个pbs文件，但是始终不成功，贴出来请大家帮忙分析一下。 pbs： #!/bin/bash ################### #PBS -N msi #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -S /bin/bash #PBS -l walltime=3000:00:00 #PBS -j oe #PBS -V ################### project_name=CO_1 # change name here!!! source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64 source /opt/intel/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh export PATH=/opt/openmpi/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/lib source /home/wangch/Accelrys/ms60.sh cd $PBS_O_WORKDIR NP=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l` NN=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | tee /tmp/nodes.$$ | wc -l`（看其他教程多加了一句，也不知道对不对） $MS_INSTALL_ROOT/bin/mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP $MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe.exe $project_name（不知道我的mpi和教程的mpi指令一样与否，我估计这里可能是出问题的地方） rm -f *.pid exit 0 我用的mpi是 openmpi1.4.1，目录在/opt/openmpi 环境变量 source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1/bin/compilervars.sh intel64 （ifort编译器） export PATH=/opt/openmpi/bin:$PATH （openmpi） export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/lib /home/wangch/Accelrys/ms60.sh 是从那个教程里下载的，修改了一点路径，也附到下面： #!/bin/bash # Parallel Environment Setting for Materials Studio 6.0 export MS_INSTALL_ROOT=/home/wangch/Accelrys/MaterialsStudio6.0 export MSI_LIC_PACK_DIR=/home/wangch/Accelrys/LicensePack export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MSI_LIC_PACK_DIR/linux/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin/:$MS_INSTALL_ROOT/etc/DMol3/bin/ export Castep_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep export Castep_TMP=/tmp export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3 export DMOL_TMP=/tmp export TMPDIR=$Castep_TMP . $MSI_LIC_PACK_DIR/etc/lp_profile eval `$MS_INSTALL_ROOT/share/license/data/lic_setup.sh $MS_INSTALL_ROOT -s sh` 我完全不懂这些语言都是瞎搞的，请各位大神指教。 实际只要能让我提交任务计算，怎么样都可以，谢谢！ |
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3楼2014-06-30 16:12:18
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