24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 1404  |  回复: 2

ifgovh

金虫 (小有名气)

[求助] 提交castep任务的pbs文件求助

求助1:小弟的MS6.0前几天不知道什么原因通过gateway提交任务,刚提交上去就提示launch failure, 服务器端gateway和windows 服务里面的gateway肯定打开的,licence也没问题,防火墙也是关闭的,不知道是什么原因。
求助2:小弟为了能继续使用,想通过RunCASTEP.sh提交任务,但是结果也很不理想,我用的作业管理系统是torque,但是用 RunCASTEP -q xxx -np xx basename1 basename2提交任务的时候 -q后面不知道填什么,老是提交不上,如果索性不用-q的话提交的任务算下来总是有问题。
求助3: 为了能继续使用,我又试了pbs提交任务,用的教程是http://muchong.com/html/201207/4702095.html,我模仿其中的pbs文件写了一个sh文件一个pbs文件,但是始终不成功,贴出来请大家帮忙分析一下。
pbs:
#!/bin/bash
###################
#PBS -N msi
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -S /bin/bash
#PBS -l walltime=3000:00:00
#PBS -j oe
#PBS -V
###################
project_name=CO_1    # change name here!!!
source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh
export PATH=/opt/openmpi/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/lib
source /home/wangch/Accelrys/ms60.sh
cd $PBS_O_WORKDIR
NP=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l`
NN=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | tee /tmp/nodes.$$ | wc -l`(看其他教程多加了一句,也不知道对不对)
$MS_INSTALL_ROOT/bin/mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP $MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe.exe $project_name(不知道我的mpi和教程的mpi指令一样与否,我估计这里可能是出问题的地方)
rm -f *.pid
exit 0
我用的mpi是
openmpi1.4.1,目录在/opt/openmpi   环境变量
    source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1/bin/compilervars.sh intel64  (ifort编译器)
    export PATH=/opt/openmpi/bin:$PATH (openmpi)
    export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/lib
/home/wangch/Accelrys/ms60.sh 是从那个教程里下载的,修改了一点路径,也附到下面:
#!/bin/bash
# Parallel Environment Setting for Materials Studio 6.0

export MS_INSTALL_ROOT=/home/wangch/Accelrys/MaterialsStudio6.0
export MSI_LIC_PACK_DIR=/home/wangch/Accelrys/LicensePack
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MSI_LIC_PACK_DIR/linux/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib
export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin/:$MS_INSTALL_ROOT/etc/DMol3/bin/

export Castep_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep
export Castep_TMP=/tmp
export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3
export DMOL_TMP=/tmp
export TMPDIR=$Castep_TMP

. $MSI_LIC_PACK_DIR/etc/lp_profile
eval `$MS_INSTALL_ROOT/share/license/data/lic_setup.sh $MS_INSTALL_ROOT -s sh`
我完全不懂这些语言都是瞎搞的,请各位大神指教。

实际只要能让我提交任务计算,怎么样都可以,谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ifgovh

金虫 (小有名气)

求帮忙啊
2楼2014-06-25 09:13:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ifgovh

金虫 (小有名气)

哎,真蛋疼。
3楼2014-06-30 16:12:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ifgovh 的主题更新
信息提示
请填处理意见