| 查看: 1061 | 回复: 7 | ||
joyce79928铜虫 (小有名气)
|
[求助]
smeagol ERROR 已有2人参与
|
|
想请问一下 在计算smeagol时 output出现以下讯息 BulkTransport ERROR: Overlap to second nearest slabs: 2 Increase the size of the unit cell along z. 我的.fdf是网路上Si的教学档 .psf是siesta网站上锁下载的LDA赝势 不知道问题到底出在哪里... 小女子求助大家了... |
回复此楼» 猜你喜欢
281求调剂（0805）
已经有8人回复
-
环境领域全国重点实验室招收博士1-2名
已经有3人回复
-
材料专硕306英一数二
已经有10人回复
-
301求调剂
已经有6人回复
-
一志愿天津大学化学工艺专业（081702）315分求调剂
已经有7人回复
-
302求调剂
已经有6人回复
-
26博士申请
已经有3人回复
-
268求调剂
已经有3人回复
-
311求调剂
已经有10人回复
-
被我言中：新模板不强调格式了，假专家开始管格式了
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- SIESTA初安装，TEST出现问题
已经有10人回复
- linux系统下 ifort的安装
已经有8人回复
- 请教vasp安装中的mpi安装
已经有16人回复
- 【求助】siesta 安装出错
已经有18人回复
- 【求助】smeagol并行计算失败，求助
已经有5人回复
- 【求助】siesta运行需要.psf文件吗
已经有4人回复
guohuazhong
至尊木虫 (职业作家)
- 1ST强帖: 1
- 应助: 52 (初中生)
- 贵宾: 0.032
- 金币: 35131.5
- 散金: 5
- 红花: 19
- 沙发: 1
- 帖子: 3924
- 在线: 885.6小时
- 虫号: 550098
- 注册: 2008-04-22
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2014-06-15 09:24:59
joyce79928
铜虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 44
- 红花: 1
- 帖子: 64
- 在线: 23.9小时
- 虫号: 2823689
- 注册: 2013-11-24
- 专业: 材料冶金过程工程
|
这是我网路上下载的fdf档 我有确认过这unit cell应该是没有错的... 不知道问题还有可能出在哪里呢? 谢谢 # ----------------------------------------------------------------------------- # FDF for silicon to use at Urbana School # ----------------------------------------------------------------------------- SystemName silicon # System description SystemLabel silicon # Label to be used for files NumberOfAtoms 2 NumberOfSpecies 1 %block ChemicalSpeciesLabel 1 14 Si # For each specie, atomic number & symbol %endblock ChemicalSpeciesLabel LatticeConstant 5.430 Ang %block LatticeVectors # Lattice vectors in units of LatticeConstant 0.500 0.500 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000 0.500 0.500 %endblock LatticeVectors AtomicCoordinatesFormat ScaledCartesian # How are the coordinates scaled %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 0.000 0.000 0.000 1 Si 0.250 0.250 0.250 1 Si %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies |
3楼2014-06-16 16:11:10
joyce79928
铜虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 44
- 红花: 1
- 帖子: 64
- 在线: 23.9小时
- 虫号: 2823689
- 注册: 2013-11-24
- 专业: 材料冶金过程工程
|
以下是我的Si.out siesta: System type = bulk siesta: k-grid: Number of k-points = 4 siesta: k-grid: Cutoff = 3.840 Ang siesta: k-grid: Supercell and displacements siesta: k-grid: 2 0 0 0.500 siesta: k-grid: 0 2 0 0.500 siesta: k-grid: 0 0 2 0.500 siesta: overlap: rmaxh veclen direction siesta: overlap: 16.4146 7.2558 1 siesta: overlap: rmaxh veclen direction siesta: overlap: 16.4146 7.2558 2 siesta: overlap: rmaxh veclen direction siesta: overlap: 16.4146 7.2558 3 BulkTransport ERROR: Overlap to second nearest slabs: 2 Increase the size of the unit cell along z. 是不是在KPOINTS有些問題? |
4楼2014-06-16 16:38:09
joyce79928
铜虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 44
- 红花: 1
- 帖子: 64
- 在线: 23.9小时
- 虫号: 2823689
- 注册: 2013-11-24
- 专业: 材料冶金过程工程
|
不知道为什么他有很多个output呢? 以下是另一个output.out -------------------------------------------------------------------------- A deprecated MCA parameter value was specified in the environment or on the command line. Deprecated MCA parameters should be avoided; they may disappear in future releases. Deprecated parameter: pls_rsh_agent -------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------- MPI_ABORT was invoked on rank 7 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 1. NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes. You may or may not see output from other processes, depending on exactly when Open MPI kills them. -------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------- mpirun has exited due to process rank 1 with PID 18615 on node node21 exiting without calling "finalize". This may have caused other processes in the application to be terminated by signals sent by mpirun (as reported here). -------------------------------------------------------------------------- [node21:18613] 12 more processes have sent help message help-mpi-api.txt / mpi-abort [node21:18613] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages Job Ended at Sun Jun 15 12:36:33 CST 2014 =========================================================================== totally spend,0,days,0,hours,0,minute,1,seconds |
5楼2014-06-16 16:53:35
zhangguangping
木虫 (著名写手)
- 1ST强帖: 23
- 应助: 71 (初中生)
- 贵宾: 0.031
- 金币: 1973.1
- 散金: 9059
- 红花: 79
- 帖子: 2681
- 在线: 2128.8小时
- 虫号: 529624
- 注册: 2008-03-20
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
6楼2014-06-16 20:34:18
joyce79928
铜虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 44
- 红花: 1
- 帖子: 64
- 在线: 23.9小时
- 虫号: 2823689
- 注册: 2013-11-24
- 专业: 材料冶金过程工程
7楼2014-06-17 15:23:34
joyce79928
铜虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 44
- 红花: 1
- 帖子: 64
- 在线: 23.9小时
- 虫号: 2823689
- 注册: 2013-11-24
- 专业: 材料冶金过程工程
8楼2014-06-20 14:48:18
