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xy656691

金虫 (正式写手)

[求助] EMSA探针设计 已有3人参与

最近在做EMSA,刚把蛋白纯化出来。现在要设计探针,有一些问题不太明白。
       基因的顺式作用元件元件是6个bp。  ctagaaatgaaaaaaacagccgacacggttaacaatat,此序列为基因启动子上游的一部分。加粗的是作用元件,我设计探针的时候要包含作用元件的6个bp,除了这6个bp之外还要往两端再加多少个碱基呢?增加的这些个碱基是直接按照ctagaaatgaaaaaaacagccgacacggttaacaatat这个序列来加还是按照其他的什么要求来加?另外我的探针要求生物素标记,是加在5,端还是加在3,端?还是两端都加?
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xy656691

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 水月心 at 2014-06-15 10:24:44
直接按照这个序列设计两条互补的就行,大概25-30都可以吧,标记的话任何一段都可以的。

你之前合成过这种探针吗,探针的浓度要多少呢?你是在哪家公司合成的?
5楼2014-06-16 17:29:41
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quiller2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xy656691(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-14 21:05:22
xy656691: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-06-15 10:19:43
1 直接按照你的序列来加
2 标记一端就可以了
致良知
2楼2014-06-13 22:52:01
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xy656691

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by quiller2000 at 2014-06-13 22:52:01
1 直接按照你的序列来加
2 标记一端就可以了

那一个探针一般需要多少bp呢?
3楼2014-06-15 10:19:18
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水月心

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xy656691: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-06-15 17:02:21
直接按照这个序列设计两条互补的就行,大概25-30都可以吧,标记的话任何一段都可以的。
4楼2014-06-15 10:24:44
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