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beeMD

新虫 (初入文坛)

[交流] 国产分子动力学计算软件BeeMD正式上线,欢迎下载测试 已有32人参与

如题,历经十多年开发,包含计算、分析和可视化全套。
计算速度和主流MD软件一样,自动多线程(OpenMP),MPI并行,CUDA
完全免费,欢迎大家使用。请到 BeeMD.org  查看更多介绍。
我们已经成立了自助开发团队,诚邀各方大拿参加开发,
急需如下方面合作开发,有底子的才俊别保留啊,
.....SIMD优化,
.....单精度优化,
.....CUDA优化,
.....QM模块,
.....力场开发。
速度:双精度版本和GROMACS差不多了,还未做单精度优化。
特点:我们注重增强采样相关开发,支持script编程,扩展开发比GROMACS,AMBER,NAMD容易,还有就是国产,我们能给国内用户提供面对面的使用和开发交流,为用户实现特定需求开发。
附件中是Windows下多线程版本的binaries,其它系统的请到主页下载,
如需从源码编译,请联系我们[ Last edited by beeMD on 2014-6-11 at 11:06 ]

这个MD软件大概构架和功能我们已都开发好,做基本的MD应用计算应该足够了,希望大家用这个软件做些工作,如果有好的应用可联系我们,我们可帮着作,希望有能力的才俊能来参加开发,起点赿低赿好,有一定C语言基础即可,自愿参与,我们不发工资的,但会给做些初步的开发培训,国外MD软件也不是一天写成的,抛砖引玉,希望能有真正创新能力的后来者,这个事情国内总得有人做,请大家多多支持!!!
目前急寻自主QM Module,有知道的学友请帮忙引荐

[ Last edited by beeMD on 2014-6-12 at 23:49 ]

我虽已不做学术,还是给下本人的简介,去年年底开始组建Modar开发团队,队里的其他成员,等我征得他们同意后公布,
2005    中科院生物物理所毕业,
2005-2011 Florida State University,
2011    回国创业,
刚回国前两年没大多时间打理MD开发,最新有些时间出来和大家交流,请大伙多多支持!!!
学术上几乎没有成就,拿的出手的是篇共同一作的PNAS的算法短文,如感兴趣,请大伙自行搜索
"Random walk in orthogonal space to achieve efficient free-energy simulation of complex systems"
在些我感谢Dr. Wei Yang对我放弃学术工作的理解
之前开发过一个可视化软件,详见 noch dot sourceforge dot net
曾经也有不少欧美学者使用,后来出国工作没时间维护,现在更名为Movar 打包在Modar中,Modar是10多年龟速积累的结果,希望国内的学者能多做些开发工作,有能力就来接管我们的开发工作。

[ Last edited by beeMD on 2014-6-13 at 12:57 ]
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  • 附件 1 : modar_for_MSWindows-Jun06-2014.zip
  • 2014-06-09 15:41:23, 9.77 M

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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我以为又是什么新的软件包,原来还是modar
走马行酒醴,驱车布鱼肉~——咦,我的酒呢?
2楼2014-06-09 16:27:14
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870277182

铁虫 (小有名气)

顶一下国产!
3楼2014-06-09 18:55:44
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jianchen7882

金虫 (小有名气)

支持国产!!!!!!!!!!!!!!!!
莫问前程有归,但求今生无悔
4楼2014-06-10 07:53:42
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chensxxy

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请给出主页的链接吧!
尊崇自然,敬畏生命!
5楼2014-06-10 12:58:00
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zhengpc3505

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by chensxxy at 2014-06-10 12:58:00
请给出主页的链接吧!

http://beemd.org/default/
6楼2014-06-10 15:07:40
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老虎大王

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
这个是用于分子体系的吗?是免费开源的吗?有没有详细的Manual?
7楼2014-06-10 15:30:51
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beeMD

新虫 (初入文坛)

是的,100%免费,暂时只对开发成员开源,Manual 和 Tutorial 网站上有
8楼2014-06-10 15:45:44
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amms_8

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
在SCI期刊发表个应用实例应该会扩大影响。
9楼2014-06-10 16:08:48
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beeMD

新虫 (初入文坛)

谢谢楼上提醒,目前有一两篇小文章在发表中,但影响力应该不够,征集影响力大的应用实例做citation,如果大伙有好的体系请贡献出来
10楼2014-06-11 08:18:36
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