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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】CoMFA中的分子叠合
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polo1022

[交流] 【求助】CoMFA中的分子叠合

请高手指点，做CoMFA时，分子叠合的方法都有哪几种，怎么操作？顺序是不是小分子优化——分子叠合——建立小分子库——用表单打开——进行CoMFA分析吗？主要是叠合这一步不知道如何操作，求大侠们不吝赐教！！！谢谢
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1楼 2008-03-22 09:58:31
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ky96998

金虫 (小有名气)
★ ★
suntao1982(金币+2,VIP+0):非常感谢！
分子叠合的方法有好几种
对于有明显公共骨架的一系列分子可以用基于公共骨架的叠合，sybyl中Align database就是用于做骨架叠合的的，也可以用fit－atom进行叠合。
如果如果分子之间没有公共骨架可以采用分子对接的叠和，将没一个分子于受体进行对接，挑选最佳构象，然后将每个分子的最佳构象全部导出你就会看见那些分子基本上“重叠”在一起。可以对这些分子建立网格进行CoMFA.
另外还可以根据药效团进行叠合，如GASP.
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2楼2008-03-23 03:13:21
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polo1022

谢谢ls，交个朋友吧
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3楼2008-03-23 10:04:55
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匿名

用户注销 (小有名气)
★
suntao1982(金币+1,VIP+0): 谢谢
本帖仅楼主可见
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4楼2008-03-24 14:13:38
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longway_long

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢详细解答
分子叠合是CoMFA操作的重要步骤，分子叠合的好坏直接影响CoMFA模型的预测能力，我所知道的方法有：（1）骨架叠合：最常用，选择一个公共的结构（几个原子就可以了），用align database进行。（2）场叠合；（3）药效团叠合，可以使用GALAHAD。叠合的过程可以分成几个部分，然后再整合，不好的时候甚至可以手动操作。
建议参考《计算机辅助药物分子设计》一书
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5楼2008-03-24 15:27:16
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
lei0736(金币+0,VIP+0):大侠好幽默
CoMFA

Completely Misleading Force Analysis
完全误导力分析
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6楼2008-03-24 20:31:34
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
lei0736(金币+2,VIP+0):再次感谢
同一组分子,让100名学生做CoMFA
把得到的结果，用统计分析，发现
他们之间的差别超过了随机误差的范围
因此，他们每个人得到的结果都是具备独立意义的结果，而不是来自正态随机分布。
这说明什么？说明这种方法不可靠！

看不懂的话，来看下面的例子

如果有一台仪器，用来测同一个样品
所有条件都不变，只是让不同的学生来操作。
那么，得到的数据，应该呈正态随机分布（其实应该是t分布，这里简化了）。
也就是说，学生们之间的差别只是由于偶然误差造成的。

可是，如果这些学生的数据，不呈正态随机分布，
说明什么？
说明如果学生们是认真的，那么或者机器有毛病！或者样品不稳定！

CoMFA就是这么一台让人不放心的仪器。
所以老汉说：CoMFA=Completely Misleading Force Analysis

[ Last edited by yalefield on 2008-3-24 at 23:36 ]
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7楼2008-03-24 23:34:47
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wukezhucadd

【求助】CoMFA的结果分析
请问为什么做完CoMFA后出现q2为负值
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8楼2008-03-28 23:32:10
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):哈哈
幸亏q2还能出现负值，否则，CoMFA晕死人都不知道是怎么死的
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9楼2008-03-29 02:03:11
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杞实很简单

铁杆木虫 (正式写手)
以上大家讲的方法我都知道，但是仅仅知道有这几种方法，即只知道这些名词罢了，并不明白到底是怎么操作的。
我想请知道具体操作的高手把过程或者步骤写出来，帮助一下我们这些菜鸟们！
真的很需要，谢谢了！
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10楼2008-05-08 12:57:16
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