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[交流] 【求助】CoMFA中的分子叠合

请高手指点，做CoMFA时，分子叠合的方法都有哪几种，怎么操作？顺序是不是小分子优化——分子叠合——建立小分子库——用表单打开——进行CoMFA分析吗？主要是叠合这一步不知道如何操作，求大侠们不吝赐教！！！谢谢

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分子物理学

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1楼 2008-03-22 09:58:31

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wukezhucadd

应助: (幼儿园)
在线:
虫号: 530467

【求助】CoMFA的结果分析
请问为什么做完CoMFA后出现q2为负值

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8楼2008-03-28 23:32:10

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ky96998

金虫 (小有名气)

应助: 8 (幼儿园)
金币: 1448
红花: 5
帖子: 244
在线: 33.9小时
虫号: 428567
注册: 2007-08-04
性别: GG
专业: 计算机辅助药物设计

★ ★
suntao1982(金币+2,VIP+0):非常感谢！

分子叠合的方法有好几种
对于有明显公共骨架的一系列分子可以用基于公共骨架的叠合，sybyl中Align database就是用于做骨架叠合的的，也可以用fit－atom进行叠合。
如果如果分子之间没有公共骨架可以采用分子对接的叠和，将没一个分子于受体进行对接，挑选最佳构象，然后将每个分子的最佳构象全部导出你就会看见那些分子基本上“重叠”在一起。可以对这些分子建立网格进行CoMFA.
另外还可以根据药效团进行叠合，如GASP.

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2楼2008-03-23 03:13:21

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