24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 1385  |  回复: 9
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

polo1022

[交流] 【求助】CoMFA中的分子叠合

请高手指点,做CoMFA时,分子叠合的方法都有哪几种,怎么操作?顺序是不是小分子优化——分子叠合——建立小分子库——用表单打开——进行CoMFA分析吗?主要是叠合这一步不知道如何操作,求大侠们不吝赐教!!!谢谢
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)



suntao1982(金币+1,VIP+0): 谢谢
本帖仅楼主可见
4楼2008-03-24 14:13:38
已阅   申请计算强帖   回复此楼   编辑   查看我的主页
查看全部 10 个回答

ky96998

金虫 (小有名气)

★ ★
suntao1982(金币+2,VIP+0):非常感谢!
分子叠合的方法有好几种
对于有明显公共骨架的一系列分子可以用基于公共骨架的叠合,sybyl中Align database就是用于做骨架叠合的的,也可以用fit-atom进行叠合。
如果如果分子之间没有公共骨架可以采用分子对接的叠和,将没一个分子于受体进行对接,挑选最佳构象,然后将每个分子的最佳构象全部导出你就会看见那些分子基本上“重叠”在一起。可以对这些分子建立网格进行CoMFA.
另外还可以根据药效团进行叠合,如GASP.
2楼2008-03-23 03:13:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polo1022

谢谢ls,交个朋友吧
3楼2008-03-23 10:04:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longway_long

金虫 (初入文坛)

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢详细解答
分子叠合是CoMFA操作的重要步骤,分子叠合的好坏直接影响CoMFA模型的预测能力,我所知道的方法有:(1)骨架叠合:最常用,选择一个公共的结构(几个原子就可以了),用align database进行。(2)场叠合;(3)药效团叠合,可以使用GALAHAD。叠合的过程可以分成几个部分,然后再整合,不好的时候甚至可以手动操作。
建议参考《计算机辅助药物分子设计》一书
5楼2008-03-24 15:27:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见