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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】CoMFA中的分子叠合
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polo1022

[交流] 【求助】CoMFA中的分子叠合

请高手指点，做CoMFA时，分子叠合的方法都有哪几种，怎么操作？顺序是不是小分子优化——分子叠合——建立小分子库——用表单打开——进行CoMFA分析吗？主要是叠合这一步不知道如何操作，求大侠们不吝赐教！！！谢谢
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1楼 2008-03-22 09:58:31
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):哈哈
幸亏q2还能出现负值，否则，CoMFA晕死人都不知道是怎么死的
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9楼2008-03-29 02:03:11
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ky96998

金虫 (小有名气)
★ ★
suntao1982(金币+2,VIP+0):非常感谢！
分子叠合的方法有好几种
对于有明显公共骨架的一系列分子可以用基于公共骨架的叠合，sybyl中Align database就是用于做骨架叠合的的，也可以用fit－atom进行叠合。
如果如果分子之间没有公共骨架可以采用分子对接的叠和，将没一个分子于受体进行对接，挑选最佳构象，然后将每个分子的最佳构象全部导出你就会看见那些分子基本上“重叠”在一起。可以对这些分子建立网格进行CoMFA.
另外还可以根据药效团进行叠合，如GASP.
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2楼2008-03-23 03:13:21
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polo1022

谢谢ls，交个朋友吧
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3楼2008-03-23 10:04:55
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匿名

用户注销 (小有名气)
★
suntao1982(金币+1,VIP+0): 谢谢
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4楼2008-03-24 14:13:38
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