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mary0312332银虫 (小有名气)
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[交流]
[求助]虚拟筛选
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在做虚拟筛选前,想对小分子库做一个初步的筛选,想请教高手,一般应怎么设置参数?如分子中原子数, 键数, 分子量就设500以下还是应该稍大于500一点?疏水位点又应该在什么范围? 因为完全是新手,对于这些参数实在摸不着头脑, 也不知应该从哪里查阅. 请多多指教 感激不尽! [search]虚拟筛选[/search] [ Last edited by mary0312332 on 2009-4-8 at 16:18 ] |
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 计算各种马克 | 分子对接 |
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wwbkevin
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一般遵从Lipinski定性规则 Lipinski's Rule of Five states that, in general, an orally active drug has: Not more than 5 hydrogen bond donors (OH and NH groups) Not more than 10 hydrogen bond acceptors (notably N and O) A molecular weight under 500 g/mol A partition coefficient log P less than 5 |
2楼2008-03-28 22:19:51
yalefield
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3楼2008-03-29 02:01:47
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mary0312332(金币+1,VIP+0):3Q 3-2 16:07
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为了减轻计算机虚拟筛选的负担，虚拟筛选前对分子库进行筛选是可行而且必要的。 一般做： 1。类药性筛选，类药性筛选可以用五规则来衡量，五规则我就不多说，看看文献吧。但是五规则也是“见仁见智”的，并不是对不同的靶点都用相同的五规则。 2。做了类药性筛选后可以进行基于药效团的筛选。这就需要首先建立靶点抑制抑制剂的药效团模型，再基于UNITY等软件基于药效团模型进行筛选。 3。将基于药效团筛选出的化合物进行分子对接，这一步首先可以用DOCK，个人觉得surflexx还是不错，速度快。将对接打分高的化合物可以再进一步利用AUTODOC或者GOLD进行精细对接，挑选打分高的进行合成并做药理学实验。 这样筛出的化合物在药动、药代、毒性、药理等方面都更可能满足要求。详细的方法要看文献和自己学习了。 |
4楼2008-03-29 03:14:21
rantingjing
铜虫 (小有名气)
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5楼2008-03-31 09:54:22
rantingjing
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6楼2008-03-31 09:55:04
7楼2008-03-31 20:52:21
wjmed
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zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
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建议你先作个药效团，软件很多，比如 从受体出发，有北大来鲁华教授课题组开发的pocket 从受体-配体相互作用出发，有ligandscout，可以免费使用1个月，足够你完成药效团了 然后先进行药效团筛选，软件也很多，免费的有3dfs，这是周家驹教授课题组开发的程序，最新版本2.0。 3dfs筛选完毕的结构保存为mol格式，你可以直接用这些结果去进行虚拟筛选。 我认为，如果直接使用分子对接软件去虚拟筛选，如果为了快，精度不可能很好。所以，先用药效团快速的过一下，很好的方法。 对于分子对接，我倒是对刚性对接比较感兴趣。首先是构象搜索，然后进行刚性筛选。构象搜索软件有omega（openeye)和xedex，omega不知道还是否对学术用户免费，但是xedex可以使用1个月的免费试用期。另外，vconf软件对学术用户是免费的，可以试试。 刚性对接的软件就很多了，fred（openeye）是很不错的一个，可以添加药效团限制，和omega是同一个公司的。另外，就是dock，呵呵，个人认为，把构象搜索和对接以及评分分开，能提高机器的利用率。而且，构象搜索完毕，以后其他靶点也可以直接使用这些构象集。不过，好的构象搜索软件很关键。catalyst口碑不错，可惜是商业的。呵呵 另外，关于类药性（drug-like）倒不是很重要，现在zinc数据库中专门有类药性的数据库，可以直接下载，所以，类药性筛选完全可以省略。当然，不使用zinc数据库，该另当别论。 [ Last edited by wjmed on 2008-4-1 at 08:13 ] |
8楼2008-04-01 08:10:15