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mary0312332

银虫 (小有名气)

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[交流] [求助]虚拟筛选

在做虚拟筛选前,想对小分子库做一个初步的筛选,想请教高手,一般应怎么设置参数?如分子中原子数, 键数, 分子量就设500以下还是应该稍大于500一点?疏水位点又应该在什么范围? 因为完全是新手,对于这些参数实在摸不着头脑, 也不知应该从哪里查阅. 请多多指教
感激不尽!
[search]虚拟筛选[/search]

[ Last edited by mary0312332 on 2009-4-8 at 16:18 ]

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分子对接

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1楼 2008-03-18 22:05:20

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ky96998

金虫 (小有名气)

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专业: 计算机辅助药物设计

★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
mary0312332(金币+1,VIP+0):3Q 3-2 16:07

为了减轻计算机虚拟筛选的负担，虚拟筛选前对分子库进行筛选是可行而且必要的。
一般做：
1。类药性筛选，类药性筛选可以用五规则来衡量，五规则我就不多说，看看文献吧。但是五规则也是“见仁见智”的，并不是对不同的靶点都用相同的五规则。
2。做了类药性筛选后可以进行基于药效团的筛选。这就需要首先建立靶点抑制抑制剂的药效团模型，再基于UNITY等软件基于药效团模型进行筛选。
3。将基于药效团筛选出的化合物进行分子对接，这一步首先可以用DOCK，个人觉得surflexx还是不错，速度快。将对接打分高的化合物可以再进一步利用AUTODOC或者GOLD进行精细对接，挑选打分高的进行合成并做药理学实验。
这样筛出的化合物在药动、药代、毒性、药理等方面都更可能满足要求。详细的方法要看文献和自己学习了。

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4楼2008-03-29 03:14:21

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wwbkevin

至尊木虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
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虫号: 260064
注册: 2006-06-17
性别: GG
专业: 药物化学

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢

一般遵从Lipinski定性规则
Lipinski's Rule of Five states that, in general, an orally active drug has:
Not more than 5 hydrogen bond donors (OH and NH groups)
Not more than 10 hydrogen bond acceptors (notably N and O)
A molecular weight under 500 g/mol
A partition coefficient log P less than 5

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gui