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mary0312332银虫 (小有名气)
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[交流]
[求助]虚拟筛选
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在做虚拟筛选前,想对小分子库做一个初步的筛选,想请教高手,一般应怎么设置参数?如分子中原子数, 键数, 分子量就设500以下还是应该稍大于500一点?疏水位点又应该在什么范围? 因为完全是新手,对于这些参数实在摸不着头脑, 也不知应该从哪里查阅. 请多多指教 感激不尽! [search]虚拟筛选[/search] [ Last edited by mary0312332 on 2009-4-8 at 16:18 ] |
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 计算各种马克 | 分子对接 |
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rantingjing
铜虫 (小有名气)
支持
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5楼2008-03-31 09:54:22
wwbkevin
至尊木虫 (正式写手)
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
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一般遵从Lipinski定性规则 Lipinski's Rule of Five states that, in general, an orally active drug has: Not more than 5 hydrogen bond donors (OH and NH groups) Not more than 10 hydrogen bond acceptors (notably N and O) A molecular weight under 500 g/mol A partition coefficient log P less than 5 |
2楼2008-03-28 22:19:51
yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
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3楼2008-03-29 02:01:47
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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
mary0312332(金币+1,VIP+0):3Q 3-2 16:07
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
mary0312332(金币+1,VIP+0):3Q 3-2 16:07
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为了减轻计算机虚拟筛选的负担，虚拟筛选前对分子库进行筛选是可行而且必要的。 一般做： 1。类药性筛选，类药性筛选可以用五规则来衡量，五规则我就不多说，看看文献吧。但是五规则也是“见仁见智”的，并不是对不同的靶点都用相同的五规则。 2。做了类药性筛选后可以进行基于药效团的筛选。这就需要首先建立靶点抑制抑制剂的药效团模型，再基于UNITY等软件基于药效团模型进行筛选。 3。将基于药效团筛选出的化合物进行分子对接，这一步首先可以用DOCK，个人觉得surflexx还是不错，速度快。将对接打分高的化合物可以再进一步利用AUTODOC或者GOLD进行精细对接，挑选打分高的进行合成并做药理学实验。 这样筛出的化合物在药动、药代、毒性、药理等方面都更可能满足要求。详细的方法要看文献和自己学习了。 |
4楼2008-03-29 03:14:21