| 查看: 1299 | 回复: 7 | |||||
| 当前主题已经存档。 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
mary0312332银虫 (小有名气)
|
[交流]
[求助]虚拟筛选
|
||||
|
在做虚拟筛选前,想对小分子库做一个初步的筛选,想请教高手,一般应怎么设置参数?如分子中原子数, 键数, 分子量就设500以下还是应该稍大于500一点?疏水位点又应该在什么范围? 因为完全是新手,对于这些参数实在摸不着头脑, 也不知应该从哪里查阅. 请多多指教 感激不尽! [search]虚拟筛选[/search] [ Last edited by mary0312332 on 2009-4-8 at 16:18 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 计算各种马克 | 分子对接 |
» 猜你喜欢
求取一些关于纳米材料和纳米技术相关的英文PPT。
已经有0人回复
-
【复旦大学】二维材料方向招收2026年博士研究生1名
已经有0人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有163人回复
-
北京纳米能源与系统研究所 王中林院士/曹南颖研究员课题组2026级硕/博/博后招生
已经有10人回复
-
荷兰Utrecht University超快太赫兹光谱王海教授课题招收2026 CSC博士生
已经有22人回复
-
反铁磁体中的磁性切换：两种不同的机制已成功可视化
已经有0人回复
-
26申博推荐：南京航空航天大学国际前沿科学研究院光学方向招收博士生！
已经有0人回复
-
求标准粉末衍射卡号 ICDD 01-076-1802
已经有0人回复
-
新西兰Robinson研究所招收全奖PhD
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
wjmed
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2795.1
- 红花: 8
- 帖子: 812
- 在线: 50.4小时
- 虫号: 96805
- 注册: 2005-11-07
- 性别: GG
- 专业: 化学生物学与生物有机化学
★ ★ ★
zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
|
建议你先作个药效团，软件很多，比如 从受体出发，有北大来鲁华教授课题组开发的pocket 从受体-配体相互作用出发，有ligandscout，可以免费使用1个月，足够你完成药效团了 然后先进行药效团筛选，软件也很多，免费的有3dfs，这是周家驹教授课题组开发的程序，最新版本2.0。 3dfs筛选完毕的结构保存为mol格式，你可以直接用这些结果去进行虚拟筛选。 我认为，如果直接使用分子对接软件去虚拟筛选，如果为了快，精度不可能很好。所以，先用药效团快速的过一下，很好的方法。 对于分子对接，我倒是对刚性对接比较感兴趣。首先是构象搜索，然后进行刚性筛选。构象搜索软件有omega（openeye)和xedex，omega不知道还是否对学术用户免费，但是xedex可以使用1个月的免费试用期。另外，vconf软件对学术用户是免费的，可以试试。 刚性对接的软件就很多了，fred（openeye）是很不错的一个，可以添加药效团限制，和omega是同一个公司的。另外，就是dock，呵呵，个人认为，把构象搜索和对接以及评分分开，能提高机器的利用率。而且，构象搜索完毕，以后其他靶点也可以直接使用这些构象集。不过，好的构象搜索软件很关键。catalyst口碑不错，可惜是商业的。呵呵 另外，关于类药性（drug-like）倒不是很重要，现在zinc数据库中专门有类药性的数据库，可以直接下载，所以，类药性筛选完全可以省略。当然，不使用zinc数据库，该另当别论。 [ Last edited by wjmed on 2008-4-1 at 08:13 ] |
8楼2008-04-01 08:10:15
wwbkevin
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 14290.1
- 散金: 15
- 红花: 4
- 帖子: 376
- 在线: 219.8小时
- 虫号: 260064
- 注册: 2006-06-17
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
|
一般遵从Lipinski定性规则 Lipinski's Rule of Five states that, in general, an orally active drug has: Not more than 5 hydrogen bond donors (OH and NH groups) Not more than 10 hydrogen bond acceptors (notably N and O) A molecular weight under 500 g/mol A partition coefficient log P less than 5 |
2楼2008-03-28 22:19:51
yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
- 计算强帖: 2
- 应助: 129 (高中生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 21238.9
- 散金: 3440
- 红花: 66
- 帖子: 12101
- 在线: 759.1小时
- 虫号: 96063
- 注册: 2005-10-07
- 专业: 高等教育学
- 管辖: 计算模拟
3楼2008-03-29 02:01:47
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
mary0312332(金币+1,VIP+0):3Q 3-2 16:07
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
mary0312332(金币+1,VIP+0):3Q 3-2 16:07
|
为了减轻计算机虚拟筛选的负担，虚拟筛选前对分子库进行筛选是可行而且必要的。 一般做： 1。类药性筛选，类药性筛选可以用五规则来衡量，五规则我就不多说，看看文献吧。但是五规则也是“见仁见智”的，并不是对不同的靶点都用相同的五规则。 2。做了类药性筛选后可以进行基于药效团的筛选。这就需要首先建立靶点抑制抑制剂的药效团模型，再基于UNITY等软件基于药效团模型进行筛选。 3。将基于药效团筛选出的化合物进行分子对接，这一步首先可以用DOCK，个人觉得surflexx还是不错，速度快。将对接打分高的化合物可以再进一步利用AUTODOC或者GOLD进行精细对接，挑选打分高的进行合成并做药理学实验。 这样筛出的化合物在药动、药代、毒性、药理等方面都更可能满足要求。详细的方法要看文献和自己学习了。 |
4楼2008-03-29 03:14:21