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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 晶体建模问题
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fentuo1203

新虫 (初入文坛)

[交流] 晶体建模问题 已有1人参与

求大神帮忙解析，以下是别人给计算的晶体文件，本人想依据这个用MS作结构图。
http://d.kankan3d.com/file/data/bcs/2014/0526/w178h2832932_1401077134_645.png
遇到的问题：
1、晶体体系和空间点阵在MS中是a=b=c，而晶体文件中a!=c。
2、下方的坐标怎么用于MS作图。

http://d.kankan3d.com/file/data/bcs/2014/0526/w178h2832932_1401077519_584.png
这里红色选区里的小括号内容是什么，在MS建模添加原子的时候总感觉有点不对，在建模的时候应该选哪个坐标系。下面是我用MS建的结构，不知对不对，请各位大神批评指正。
http://d.kankan3d.com/file/data/bcs/2014/0526/w216h2832932_1401079035_786.png

晶体建模问题
2.png


晶体建模问题-1
无标题.png


晶体建模问题-2
3D Atomistic.png
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1楼 2014-05-26 12:37:54
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fentuo1203

新虫 (初入文坛)
请各位大神帮忙看看，谢谢了！！
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2楼2014-05-26 23:43:10
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:49:41
1、两张图片的PDF number不一致，没有可比性，晶系也不一致
2、以第二张图的坐标和第二张图给的晶胞参数作图就可以了
3、成键方式感觉有点问题，O怎么也不会是三根键吧，Ni和Cl的化学键我不知道

以上是我的想法
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2014-05-27 08:52:23
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fentuo1203

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2014-05-27 08:52:23
1、两张图片的PDF number不一致，没有可比性，晶系也不一致
2、以第二张图的坐标和第二张图给的晶胞参数作图就可以了
3、成键方式感觉有点问题，O怎么也不会是三根键吧，Ni和Cl的化学键我不知道

以上是我的想法

前面那两张图一个是NiCl2的晶体结构，一个是NiCl2.6H2O的晶体结构。我不知道第一个图怎么按照坐标来作图，那个数据我不知道怎么用。
关于画出来的结构，我是按照第二张图的坐标去添加原子的，做出来就是这样的，我也不知道对不对，因为好像跟什么原子占有率有关，我不懂这个，所以请大神帮忙看一下。
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4楼2014-05-27 09:45:45
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-05-30 19:50:05
引用回帖:
4楼: Originally posted by fentuo1203 at 2014-05-27 09:45:45
前面那两张图一个是NiCl2的晶体结构，一个是NiCl2.6H2O的晶体结构。我不知道第一个图怎么按照坐标来作图，那个数据我不知道怎么用。
关于画出来的结构，我是按照第二张图的坐标去添加原子的，做出来就是这样的，我 ...

带水和不带水，晶胞参数肯定有区别。第一张图只有晶胞参数，没有原子坐标，你去问问晶体版的能不能解析或找到对应的cif
MS有自动成键功能，有时候不准，这要自己调整

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
5楼2014-05-27 11:26:41
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