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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » dmol优化铁簇的问题
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2328980933

新虫 (著名写手)

[求助] dmol优化铁簇的问题

我最近在研究铁簇与高分子吸附，但是铁簇优化比较难，参数设置经常会导致铁簇优化失败，通过与文献铁簇键长2.35埃米对比，文献是用高斯算的。我调整了参数，找到了一个最接近文献的键长2.37埃米，但是其他的参数都在2.41左右。我按照最好的那个参数优化高分子是成功的，但是把他们放在一块就不能成功，而我又不能改变参数，因为目前只找到了一个参数是铁簇的键长与文献比较接近。求助大家畅所欲言，看看有没有什么办法，有没有遇到此问题的或者算过这个的，谢谢大家
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1楼2014-05-26 08:34:05
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
Fe要注意调整自旋，这个一般是造成scf不收敛比较重要的原因。另外Fe这种带有磁性的体系Gaussian处理可能不会很理想，对于文献的结果考证后在去模仿也不迟。
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2楼2014-05-26 13:25:31
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
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3楼: Originally posted by 2328980933 at 2014-05-26 14:10:35
自旋我也都试过，自动的是最小的，就是和高分子在一块的时候不能优化，很奇怪，而且根本不出收敛曲线...

那是因为scf 比较困难，Fe自旋推荐先设置到高自旋（+4），不设定的话我试过，有时候会计算成反铁磁性。
不如把outmol文件上传过来，以便于诊断。
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4楼2014-05-26 14:12:41
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★ ★ ★
2328980933(ben_ladeng代发): 金币+5, 代楼主发放金币 2014-06-03 06:35:38
引用回帖:
8楼: Originally posted by 2328980933 at 2014-05-26 15:44:02
参数为# Task parameters
Calculate                     optimize
Opt_energy_convergence        2.0000e-005
Opt_gradient_convergence      4.0000e-003 A
Opt_displacement_convergence  5.0000e-003 A
O ...

信息仍然不够多，实在不行把结构的截图发来看看。

这里暂时只能知道SCF没有收敛，对此给出几个建议：
1、调整铁原子的自旋状态
2、增加计算精度
3、适当减小charge mix
4、加大DIIS size

另外，题外话，个人观点是包含纯金属的体系不建议用DFT-D，一般得到的金属键长偏短。
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9楼2014-05-26 17:55:01
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
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10楼: Originally posted by 2328980933 at 2014-05-27 11:35:21
之所以算DFT-D，是因为全体系中有高分子，所以才加的
自旋这一块我没注意太多，我主要是看实验的文献中没有说啥自旋，这里不知怎么考虑，我想的是先按照基态算，再考虑自旋，不然内容太多
参数我已经调了好多次， ...

DFT-D只是个建议，看个人喜好。charge mix一般0.1，DIIS一般10大部分问题都能解决。如果文献用的是Gaussian如果没指名自旋多重度实际上是有问题的。先把自旋调整过来，自旋态不对就是定性问题，前面那两个参数对于计算而言没什么影响，只是收敛快慢的问题。我建议你可以先对之前计算的那几个团簇的优化构型上计算单点能并计算布居分析，看看spin那一项是不是都是正的。
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11楼2014-05-27 12:14:01
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
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12楼: Originally posted by 2328980933 at 2014-05-28 22:57:43
我想具体问一下这个自旋应该怎么考虑的，我的体系比较大，不可能每一种都去计算，是不是一般要考虑基态的，基态是不是把每一个重数都试一试然后再看那个能量最低就是基态，还有您说的自旋对是啥意思，我看高斯上粗 ...

Dmol3和Gaussian不同的是Dmol3会自动优化自旋，问题在于有时候可能会把电子结构优化成亚稳态。比如把Fe计算成反铁磁性的，然而Fe是铁磁性的，我们如果使所有Fe-Cluster上的Fe的initial spin都是High Spin的状态（Modify-Electronic Configuration下面调），如果存在铁磁性的稳定态，就会被逐渐优化到这个状态。所以，计算的时候最好勾选population看看自旋布居的情况，是否Cluster上的Fe的自旋值都是同正或同负，才是铁磁性的结果，我觉得这才是合理的（当然如果你本来就想计算反铁磁性或是只有反铁磁性才稳定那就和上面说的相反了）。Gaussian就不一样了，由于没办法优化自旋，所以只好每一种都算一下，哪个能量低可能才是合理的。
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13楼2014-05-29 01:18:31
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
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14楼: Originally posted by 2328980933 at 2014-05-30 17:29:41
我想问一下，计算的时候，半天没有优化过程图，即第一步就要半天才能走，之前优化一般要差不多一百步多，一般半天就优化完了，想问一下，一般这有啥办法可以解决吗，速度太慢了，而且我也该参数让他加快收敛啦呀...

你的计算精度有点低，调到Fine吧。如果较高的精度仍旧难以收敛，要看看你的convergence是什么状况，到底是振荡？还是下降缓慢？前者建议减小charge mix，并增大DIIS；后者适当放大charge mix，适当增加DIIS。如果这些参数仍然不能收敛，可以先加上一些smearing优化后再去掉继续优化。

不妨贴出outmol，把xsd文件带上来也行。我可以测试一下看看。
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15楼2014-05-30 17:45:16
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卡开发发

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Ab Initio Amateur
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16楼: Originally posted by shangshui123 at 2014-06-02 16:30:32
不仅是收敛下降的慢，关键是一步就要走老半天，不知这是啥原因，一整天走不了五步，想让走得快点，该怎么办呢...

你还是把完全的outmol传上来，我先看看什么情况，最好附上xsd，收敛的问题影响因素很多，要重复计算过程，逐一排查才能找出比较合理的方案。
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17楼2014-06-02 16:37:16
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