| 查看: 1246 | 回复: 2 | |||
[交流]
请教一个VASP脚本问题，谢谢~ 已有2人参与
|
|
刚接触VASP，对linux SHELL也不是很熟，故在此请教： 如下有两文件，第一个是常见的vasp运行PBS ； 第二个是好像是用来进行ENCUT 收敛情况的测试（或类似其他测试）。 请问怎样这两个合成一个PBS呢？也就是要仍以PBS运行VASP。谢谢~ PS: 没金币只好发成资源帖 #PBS -N vasp #PBS -j oe #PBS -l nodes=5:ppn=8 source /public/software/profile.d/intel-env.sh source /public/software/profile.d/openmpi-intel-env.sh NP='cat $PBS_NODEFILE | wc -l' cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np -$NP -machinefile $PBS_NODEFILE /public/software/vasp5.2/vasp ---------------------------------------------------------- #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E='grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'' echo $i $E >>comment done |
回复此楼» 猜你喜欢
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有16人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有20人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有12人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有11人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有11人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有10人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- P4VASP windows版本
已经有12人回复
- 推荐几个vasp处理计算结果的python脚本
已经有66人回复
- vasp中有关自旋
已经有31人回复
- 用vasp脚本算极化强度，脚本出错，急死了
已经有6人回复
- 请问同做vasp模拟的大牛们一个vasp的错误提示是什么意思
已经有7人回复
- VASP中脚本程序问题
已经有14人回复
- VASP静态自洽计算收敛特慢！
已经有31人回复
- 提取VASP计算前后的坐标转换脚本（shell）
已经有9人回复
- vasp计算只用一个K点怎么设置？
已经有8人回复
- 求VASP脚本文件
已经有5人回复
- VASP 运行报错
已经有11人回复
- 测试POSCAR的脚本不运行
已经有10人回复
- VASP计算时的几个细节设置问题，希望有经验的人过来指点一下！
已经有23人回复
- 【求助成功】vasp测试K点收敛性的脚本问题
已经有20人回复
- 【其他】关于MS和VASP的比较
已经有6人回复
- 【求助】vasp优化晶格参数a
已经有13人回复
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
合并会造成一个问题就是提交作业之后，还没有算，就开始执行读取total energy 命令。除非你加入反馈代码，VASP每计算完毕一次反馈给shell,之后再执行读取操作。建议你提交和读取分两次进行，代码还需修改一下。 我写一个，供参考，些许有小错，根据情况修改。 (1) 提交脚本 #!/bin/sh cd=`pwd` for i in 150 200 250 300 350 400 do mkdir $i cd $i cp ../POSCAR . cp ../KPOINTS . cp ../POTCAR . cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! bash ../vasp_pbs.sh cd .. done （2）读取脚本 #!/bin/sh cd=`pwd` for i in 150 200 250 300 350 400 do cd $i echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E='grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'' echo $i $E >>../comment cd .. done （3）提交作业脚本vasp_pbs.sh #PBS -N vasp #PBS -j oe #PBS -l nodes=5:ppn=8 source /public/software/profile.d/intel-env.sh source /public/software/profile.d/openmpi-intel-env.sh NP='cat $PBS_NODEFILE | wc -l' cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np -$NP -machinefile $PBS_NODEFILE /public/software/vasp5.2/vasp |
2楼2014-05-22 11:13:55
bluewhale
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 58 (初中生)
- 金币: 8438.3
- 散金: 50
- 红花: 10
- 帖子: 890
- 在线: 362.2小时
- 虫号: 278289
- 注册: 2006-09-10
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
正规的做法是用-Ｗ选项，见下： It is possible to start a job on the condition that another one completes beforehand; this may be necessary for instance if the input to one job is generated by another job. Job dependency is defined in PBS using the -W flag. To illustrate with an example, suppose you need to start a job using the script second_job.sh after another job finished successfully. Assume the first job is started using script first_job.sh and the command to start the first job $ qsub first_job.sh returns the job ID 7777. Then, the command to start the second job is $ qsub -W depend=afterok:7777 second_job.sh This job dependency can be further automated (possibly to be included in a bash script) using environment variables: JOB_ID_1=`qsub first_job.sh` JOB_ID-2=`qsub -W depend=afterok:$JOB_ID_1 second_job.sh` |
3楼2014-05-22 18:18:25
