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[交流]
请教一个VASP脚本问题，谢谢~ 已有2人参与
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刚接触VASP，对linux SHELL也不是很熟，故在此请教： 如下有两文件，第一个是常见的vasp运行PBS ； 第二个是好像是用来进行ENCUT 收敛情况的测试（或类似其他测试）。 请问怎样这两个合成一个PBS呢？也就是要仍以PBS运行VASP。谢谢~ PS: 没金币只好发成资源帖 #PBS -N vasp #PBS -j oe #PBS -l nodes=5:ppn=8 source /public/software/profile.d/intel-env.sh source /public/software/profile.d/openmpi-intel-env.sh NP='cat $PBS_NODEFILE | wc -l' cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np -$NP -machinefile $PBS_NODEFILE /public/software/vasp5.2/vasp ---------------------------------------------------------- #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E='grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'' echo $i $E >>comment done |
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合并会造成一个问题就是提交作业之后，还没有算，就开始执行读取total energy 命令。除非你加入反馈代码，VASP每计算完毕一次反馈给shell,之后再执行读取操作。建议你提交和读取分两次进行，代码还需修改一下。 我写一个，供参考，些许有小错，根据情况修改。 (1) 提交脚本 #!/bin/sh cd=`pwd` for i in 150 200 250 300 350 400 do mkdir $i cd $i cp ../POSCAR . cp ../KPOINTS . cp ../POTCAR . cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! bash ../vasp_pbs.sh cd .. done （2）读取脚本 #!/bin/sh cd=`pwd` for i in 150 200 250 300 350 400 do cd $i echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E='grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'' echo $i $E >>../comment cd .. done （3）提交作业脚本vasp_pbs.sh #PBS -N vasp #PBS -j oe #PBS -l nodes=5:ppn=8 source /public/software/profile.d/intel-env.sh source /public/software/profile.d/openmpi-intel-env.sh NP='cat $PBS_NODEFILE | wc -l' cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np -$NP -machinefile $PBS_NODEFILE /public/software/vasp5.2/vasp |
2楼2014-05-22 11:13:55
bluewhale
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正规的做法是用-Ｗ选项，见下： It is possible to start a job on the condition that another one completes beforehand; this may be necessary for instance if the input to one job is generated by another job. Job dependency is defined in PBS using the -W flag. To illustrate with an example, suppose you need to start a job using the script second_job.sh after another job finished successfully. Assume the first job is started using script first_job.sh and the command to start the first job $ qsub first_job.sh returns the job ID 7777. Then, the command to start the second job is $ qsub -W depend=afterok:7777 second_job.sh This job dependency can be further automated (possibly to be included in a bash script) using environment variables: JOB_ID_1=`qsub first_job.sh` JOB_ID-2=`qsub -W depend=afterok:$JOB_ID_1 second_job.sh` |
3楼2014-05-22 18:18:25
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