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提取VASP计算前后的坐标转换脚本（shell）
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写了两个小脚本用于转化VASP计算前后的坐标。 convtd是有计算输出的OUTCAR里提取原子坐标。 convtp是利用file.cell文件生成POSCAR。 Linux下 chmod +x convtd 赋予权限即可使用。 1）convtd 用法： convtd N （N为体系中的元素数目，即有多少种原子）。 输出：The output file is : GPNCell_C.xyz The constants of the cell: X, Y, Z: 晶格常数 2）convtp 用法： convtp file.cell （file.cell来自于castep保存的cell文件）。 输出文件为POSCAR。 shell初学者，难免疏漏，有bug请发email： zhaoxingang1111@163.com.谢谢。code for convtd: #!/bin/bash Total=0 n=0 i=0 Num=0 a_Num=0 #if [ $1 -eq 0 ]; then # echo "Error Input !" # exit #fi fn=$(sed -n '1p' CONTCAR) if [ -z $fn ]; then fname=VASP_out.xyz else fname=$(echo $fn | tr -s '') fi echo "" echo "The output file is :" $fname.xyz echo "" echo "The constants of the cell: X, Y, Z:" echo "" sed -n '3p' CONTCAR sed -n '4p' CONTCAR sed -n '5p' CONTCAR sed -n '6p' CONTCAR > APT sed -n '7p' CONTCAR > NPT Num=$1 for ((n=1 ; n <= $Num; n++)) do Total=$[ $Total + $(awk '{print $'$n'}' NPT)] done echo $Total > TMP.xyz echo "" >> TMP.xyz grep -A$(($Total + 1)) "POSITION" OUTCAR | tail -$Total | awk '{print $1,$2,$3}' > XYZ_TMP for ((i=1 ; i <= $Num; i++)) do a_Num=$( cat NPT | awk '{print $'$i'}') Asign=$(awk '{print $'$i'}' APT) head -$a_Num XYZ_TMP | awk '{print "'${Asign}'", $0}' >> TMP.xyz sed "1,${a_Num}d" XYZ_TMP > XYZ mv XYZ XYZ_TMP done mv TMP.xyz ${fname}.xyz rm XYZ_TMP rm ?PT code for convtp: #!/bin/bash Fname=$1 N_end=$(sed -n '/ENDBLOCK POSITIONS_FRAC/'= $Fname) head -$[$N_end-1] $Fname > TMPF1 echo ${Fname%.cell} > POSCAR echo " 1.00000000000000" >> POSCAR sed -n '2p' $Fname >> POSCAR sed -n '3p' $Fname >> POSCAR sed -n '4p' $Fname >> POSCAR sed '1,7d' TMPF1 > TMPF2 cat TMPF2 | sort -d -f -u -k1 > TMPF5 cut -c1-3 TMPF2 |sort | uniq -c > TMPF3 awk '{ print $2, $1}' TMPF3 > TMPF4 awk -v RS= 'NR==1{for(i=1;i<=NF;i+=2) h = h " " $i;print h}{v="";for(i=2;i<=NF;i+=2)v=v " "$i;print v}' TMPF4 |column -t >> POSCAR echo "Direct" >> POSCAR awk '{print $2 "\t" $3 "\t" $4}' TMPF5 >> POSCAR rm TMPF? [ Last edited by 思雨G十年 on 2013-8-24 at 21:21 ] |
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