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【奖励】本帖被评价8次，作者思雨G十年增加金币 6.4 个

思雨G十年

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[资源] 提取VASP计算前后的坐标转换脚本（shell）

写了两个小脚本用于转化VASP计算前后的坐标。
convtd是有计算输出的OUTCAR里提取原子坐标。
convtp是利用file.cell文件生成POSCAR。

Linux下 chmod +x convtd 赋予权限即可使用。

1）convtd 用法： convtd N （N为体系中的元素数目，即有多少种原子）。
输出：The output file is : GPNCell_C.xyz

         The constants of the cell: X, Y, Z:
         晶格常数
2）convtp 用法： convtp file.cell （file.cell来自于castep保存的cell文件）。
输出文件为POSCAR。

shell初学者，难免疏漏，有bug请发email：
zhaoxingang1111@163.com.谢谢。code for convtd:
#!/bin/bash
Total=0
n=0
i=0
Num=0
a_Num=0

#if [ $1 -eq 0 ]; then
# echo "Error Input !"
# exit
#fi

fn=$(sed -n '1p' CONTCAR)
if [ -z $fn ]; then
fname=VASP_out.xyz
else
fname=$(echo $fn | tr -s '')
fi

echo ""
echo "The output file is :" $fname.xyz
echo ""
echo "The constants of the cell: X, Y, Z:"
echo ""
sed -n '3p' CONTCAR
sed -n '4p' CONTCAR
sed -n '5p' CONTCAR
sed -n '6p' CONTCAR > APT
sed -n '7p' CONTCAR > NPT

Num=$1

for ((n=1 ; n <= $Num; n++))
do
      Total=$[ $Total + $(awk '{print $'$n'}' NPT)]
done
echo  $Total > TMP.xyz
echo "" >> TMP.xyz
grep -A$(($Total + 1)) "POSITION" OUTCAR | tail -$Total | awk '{print $1,$2,$3}' > XYZ_TMP

for ((i=1 ; i <= $Num; i++))
do
      a_Num=$( cat NPT | awk '{print $'$i'}')
      Asign=$(awk '{print $'$i'}' APT)

head -$a_Num XYZ_TMP | awk '{print "'${Asign}'", $0}' >> TMP.xyz
sed  "1,${a_Num}d" XYZ_TMP > XYZ
mv XYZ XYZ_TMP
done

mv  TMP.xyz  ${fname}.xyz

rm XYZ_TMP
rm ?PT

code for convtp:

#!/bin/bash
Fname=$1
N_end=$(sed -n '/ENDBLOCK POSITIONS_FRAC/'= $Fname)
head -$[$N_end-1] $Fname > TMPF1
echo ${Fname%.cell} > POSCAR
echo " 1.00000000000000" >> POSCAR
sed -n '2p' $Fname >> POSCAR
sed -n '3p' $Fname >> POSCAR
sed -n '4p' $Fname >> POSCAR
sed '1,7d' TMPF1 > TMPF2
cat TMPF2 | sort  -d -f -u -k1 > TMPF5
cut -c1-3 TMPF2 |sort | uniq -c > TMPF3
awk '{ print $2, $1}' TMPF3 > TMPF4
awk -v RS= 'NR==1{for(i=1;i<=NF;i+=2) h = h " " $i;print h}{v="";for(i=2;i<=NF;i+=2)v=v " "$i;print v}' TMPF4 |column -t >> POSCAR
echo "Direct" >> POSCAR
awk  '{print $2 "\t" $3 "\t" $4}' TMPF5 >>  POSCAR
rm TMPF?

[ Last edited by 思雨G十年 on 2013-8-24 at 21:21 ]

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