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?木木@

新虫 (初入文坛)

[求助] 跪求PCR大神,解决小弟问题,都一个多月了,快被折腾死了 已有4人参与

做两个酶的克隆表达,克隆,测序,都没问题,
然后设表达引物,用的Pet28a,酶切位点:1号 ( NCO1 和Xho1 )  2号 (Nhe1和Xho1)
双酶切,验证,(两个酶都是2500多bp),条带位置正确,载体条带也正确(单酶切实验过,都能切开)

然后:问题来了,就做链接,还做了3种比例的链接,用BL21感受态,
挑菌,菌落PCR,要是没连上吧,应该是250bp的一段,要是连上了,应该就是和我的目的片段2500差不多,
可是,条带偏偏是2000不到,去测序 ,结果是:结果显示,测序没有信号或信号微弱,测序结果不可用,我们将终止此反应。建议您重新检测模板和(或)更换引物后,重新测序。

这怎么回事啊,我2500的条带放进去连接,怎么连出来的不是目的条带,里面就:双酶切后的目的基因,28a,T4buffer,T4酶,就没有了啊

附图,分别是第一个和第二个的菌落PCR,通用引物扩的

跪求PCR大神,解决小弟问题,都一个多月了,快被折腾死了
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跪求PCR大神,解决小弟问题,都一个多月了,快被折腾死了-1
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BioChen

银虫 (正式写手)

兄弟拜错神了,你的问题不是PCR大神能解决的,你的PCR做的很好嘛
2楼2014-05-20 19:45:54
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zhaodahe

木虫 (正式写手)

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★ ★
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-05-22 15:57:49
一般是用JM109和DH5alpha做克隆的宿主,然后测序验证,正确的克隆子提取后再转化BL21。你不妨试试。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2014-05-20 22:33:51
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luwei13566

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-05-22 15:57:52
可能是通用引物和你基因内部的非特异性扩增,可以用你扩增基因用的引物再做一次菌落PCR,或者直接提质粒双酶切验证。
送测序最好用质粒测序,也可以准备1ml的菌液一起装到测序袋里备测。
大家相互帮助哈
4楼2014-05-21 00:16:30
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meng_xu

铜虫 (小有名气)

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-05-22 15:57:57
PCR没有问题,你的序列中有很多重复片段么?如果有,建议用DH5a或者DH10B做转化,然后再转BL21看表达
5楼2014-05-21 06:06:19
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一城烟雨朦胧

新虫 (初入文坛)

看看目的基因上的酶切位点是不是都只有一个,我也不是很懂……

[ 发自小木虫客户端 ]
6楼2014-05-22 22:14:03
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wangxh1234

银虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
最好做重组质粒的双酶切验证一下,测序没结果也可能是污染的问题,实在不行用真实重组子重新转化一次
7楼2014-05-22 22:26:15
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yuefeng506

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
由于基因组DNA的影响,菌落PCR有些时候并不可靠。挑几个转化子,提质粒做下测序和双酶切比较靠谱。
8楼2014-05-23 10:10:16
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