| 查看: 1024 | 回复: 5 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
q1036210267木虫 (正式写手)
|
[求助]
Towhee 计算出问题了，肯请高手指点下 已有1人参与
|
|
|
简单介绍下，本人是一个 Towhee 软件 的初学者，我先从基本的手册学起，然后对照着手册和软件自带的 计算例子。于是，我也照着搭建一两个体系去测试下自己学到的东西。于是我创建了两个非常简单的体系。 1. 第一个体系：10个CO2的 NVT 体系。 这个简单体系已经运行成功，但是出现个问题，那就是对CO2的力场定义。当我用将 CO2中的C定义为 C(或者A,B,D...)的时候，计算不报错，但是当我将其定义为 C1 时候，计算就会报错。这种情况原则上是不应该出现的（towhee 力场中好多都定义了CT1，CT2， CX, C1等）。错误信息和计算的input和ff文件详见附件。 2. 第二个体系：10个CO2和10个CH4 的 NVT 体系。 这个体系我是参照软件例子中的（Shula——Gasses）。结果计算没有运行成功，报错信息和相应的input和ff文件详见附件。 注：为方便起见，我改变了 体系1和2 的 input 和 ff 文件名。Sample Text 我是个初学者，希望高手和大神 能够指点一下。  体系1.png  体系2.png |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 2_input
- 附件 2 : 1_ff_gas
- 附件 3 : 1_input
- 附件 4 : 2_ff_gas
- 附件 5 : 1_input
- 附件 6 : 1_ff_gas
- 附件 7 : 2_input
- 附件 8 : 2_ff_gas
2014-05-16 08:01:22, 1.87 K
2014-05-16 08:01:22, 1.51 K
2014-05-16 08:01:22, 1.37 K
2014-05-16 08:01:22, 2.56 K
2014-05-16 08:02:05, 1.37 K
2014-05-16 08:02:05, 1.51 K
2014-05-16 08:02:09, 1.87 K
2014-05-16 08:02:09, 2.56 K
» 猜你喜欢
让我中一个面上吧！
已经有16人回复
-
放榜前的不淡定
已经有17人回复
-
科研孤儿太难了
已经有19人回复
-
能否退出参与的面上项目解除限项
已经有9人回复
-
明天应该可查了！？
已经有4人回复
-
什么时候开奖？
已经有11人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有6人回复
-
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有14人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有17人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- CD计算基组选择，请高手指点，金币，多钱可送上。
已经有7人回复
- 编辑提出问题，不知道什么意思？求高手指点！
已经有22人回复
- data和case文件导入到tecplot时出现错误，请高手指点迷津，急~~
已经有11人回复
- Materials-studio 5.0使用时总是弹出错误，请高手指点，必当重i谢
已经有5人回复
- 如何用岩石化学计算与图解系统来计算岩石中各矿物的含量？请高手指点
已经有7人回复
- 求助：环氧玻璃钢制品表面涂刮环氧胶出现发花现象，请各位高手指点！
已经有4人回复
- ＶＡＳＰ计算出错，请高手指点
已经有19人回复
- 晶体解析，checkcife的错误不会处理，请高手指点
已经有5人回复
- 安装 TECPLOT 360时出错 请各位高手指点
已经有6人回复
- 加溶剂后计算，不收敛，请高手指点
已经有5人回复
- 气相色谱 做任何一个单标 都会有两个固定的杂质峰出现 怎么回事？？请高手指点！！！
已经有9人回复
- 请高手指点一下，一个加氢键精修的问题，软件加氢键后运行不了
已经有15人回复
- 数字图像处理 ，图像提取问题，和识别问题 请高手指点一下
已经有19人回复
- 我最近在做一个缩醛关环反应，产率老是上不去，请高手指点一下
已经有8人回复
- 文章录用了，可是我不知道现在的状态是什么意思，请高手指点
已经有5人回复
- 【求助】请高手指点出错原因
已经有16人回复
- 【求助/交流】pMD-18T载体连接出现了问题，请各位高手指点！！！
已经有17人回复
- 【求助】想换专业到美国读博，但前提是能申请到全奖才能出得起，纠结中，请高手指点
已经有7人回复
- 搞化学的硕士想转行，但不知道怎么转，请高手指点～！
已经有33人回复
- （10金币感谢）格式审查的回信，没搞明白什么意思，请高手指点...
已经有9人回复
4楼2014-05-17 19:15:01
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-05-30 18:52:05
q1036210267: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-06-25 15:37:21
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-05-30 18:52:05
q1036210267: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-06-25 15:37:21
|
同学你这文件问题比较多，对于第一个文件，你的分子类型数是1，但是你自己写的2，不就是个二氧化碳么？当然nmolty改成1以后，后面的pmtcmt概率也就是1.0d0了，还有就是后面的构建分子的书写方式不是最标准的方式，比如你写的第一个基团的vibration 回车 2 回车 2 3 我们都不这么写，至少后面的2 3是一个单独占一行，你可以看我修改后的文件。还有个问题就是，我用你给的文件根本就跑不到你图片显示的那一步，最上面就出了问题，也不知道是不是软件的事情。 此外力场里面也有问题，你定义的C应该是sp杂化，O应该是sp2杂化，这个你自己再查查。你的键角书写也有问题，键角的后面的 A O之间少一个空格。 这里一定要注意，每一个基团自己要单独沾满11个空格才行,比如O..........A..........O..........，从第一个O前面数到A前面是11个空，从A前面数到O也是11个空。所以如果从你给的图片里看的话，问题就是你改成C1后键没有被识别，那么我估计你是多了空，自己数数吧。 |
2楼2014-05-17 18:58:41
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果！ 2014-05-30 18:52:11
q1036210267: 金币+20 2014-06-25 15:37:15
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果！ 2014-05-30 18:52:11
q1036210267: 金币+20 2014-06-25 15:37:15
| 这是附件，我这里能跑通了已经。另外提醒你，input文件对空格要求不大，但是力场多个少个空格多个回车都是不行的。看报错在哪里，自己过去改就可以了。 |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 力场机及其文件.rar
2014-05-17 19:02:33, 1.5 K
3楼2014-05-17 19:04:03
q1036210267
木虫 (正式写手)
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 2182.2
- 散金: 806
- 红花: 4
- 帖子: 893
- 在线: 262.1小时
- 虫号: 1346635
- 注册: 2011-07-15
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
5楼2014-06-25 15:36:51
20