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q1036210267木虫 (正式写手)
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[求助]
Towhee 计算出问题了，肯请高手指点下 已有1人参与
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简单介绍下，本人是一个 Towhee 软件 的初学者，我先从基本的手册学起，然后对照着手册和软件自带的 计算例子。于是，我也照着搭建一两个体系去测试下自己学到的东西。于是我创建了两个非常简单的体系。 1. 第一个体系：10个CO2的 NVT 体系。 这个简单体系已经运行成功，但是出现个问题，那就是对CO2的力场定义。当我用将 CO2中的C定义为 C(或者A,B,D...)的时候，计算不报错，但是当我将其定义为 C1 时候，计算就会报错。这种情况原则上是不应该出现的（towhee 力场中好多都定义了CT1，CT2， CX, C1等）。错误信息和计算的input和ff文件详见附件。 2. 第二个体系：10个CO2和10个CH4 的 NVT 体系。 这个体系我是参照软件例子中的（Shula——Gasses）。结果计算没有运行成功，报错信息和相应的input和ff文件详见附件。 注：为方便起见，我改变了 体系1和2 的 input 和 ff 文件名。Sample Text 我是个初学者，希望高手和大神 能够指点一下。  体系1.png  体系2.png |
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2014-05-16 08:01:22, 1.87 K
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4楼2014-05-17 19:15:01
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-05-30 18:52:05
q1036210267: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-06-25 15:37:21
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q1036210267: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-06-25 15:37:21
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同学你这文件问题比较多，对于第一个文件，你的分子类型数是1，但是你自己写的2，不就是个二氧化碳么？当然nmolty改成1以后，后面的pmtcmt概率也就是1.0d0了，还有就是后面的构建分子的书写方式不是最标准的方式，比如你写的第一个基团的vibration 回车 2 回车 2 3 我们都不这么写，至少后面的2 3是一个单独占一行，你可以看我修改后的文件。还有个问题就是，我用你给的文件根本就跑不到你图片显示的那一步，最上面就出了问题，也不知道是不是软件的事情。 此外力场里面也有问题，你定义的C应该是sp杂化，O应该是sp2杂化，这个你自己再查查。你的键角书写也有问题，键角的后面的 A O之间少一个空格。 这里一定要注意，每一个基团自己要单独沾满11个空格才行,比如O..........A..........O..........，从第一个O前面数到A前面是11个空，从A前面数到O也是11个空。所以如果从你给的图片里看的话，问题就是你改成C1后键没有被识别，那么我估计你是多了空，自己数数吧。 |
2楼2014-05-17 18:58:41
【答案】应助回帖
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月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果！ 2014-05-30 18:52:11
q1036210267: 金币+20 2014-06-25 15:37:15
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果！ 2014-05-30 18:52:11
q1036210267: 金币+20 2014-06-25 15:37:15
| 这是附件，我这里能跑通了已经。另外提醒你，input文件对空格要求不大，但是力场多个少个空格多个回车都是不行的。看报错在哪里，自己过去改就可以了。 |
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2014-05-17 19:02:33, 1.5 K
3楼2014-05-17 19:04:03
q1036210267
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