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1楼2014-04-25 14:20:50

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wy19871124

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4楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-04-25 14:39:00
核苷酸的结构贴上
质谱会把分子打碎这个我懂一点，
那么，m6A和m1A，比如，在HPLC中会有差异么？
还是说，m6A和m1A一起进入质谱仪，然后再打碎之后，从峰图判断是否存在同分异构体？

1.jpg

2.jpg
...

用EI给你举个简单的例子

untitled.png

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7楼2014-04-25 15:56:31

chyll9999

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biostar2009: 金币+20, ★★★很有帮助, 有时候看见会出现[M+H]+,[M+Na]+，有时候又只看见只有[M+H]+，这是跟ESI正离子模式时加的溶剂有关么？ 2014-04-26 19:11:17
biostar2009: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-04-29 19:07:55

LC/MS用ESI离子源，不会产生和EI这么小的碎片离子峰，正离子模式只产生准分离子峰，也就是[M+H]+、【[M+Na]+等，想要知道碎片的，只能找到母离子，做二级或多级质谱

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forever

8楼2014-04-26 10:42:29

lzhwin

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biostar2009: 金币+50, ★★★很有帮助, 很给力！ 2014-04-27 20:52:13
biostar2009: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-04-29 19:08:13

1，反向HPLC是不是就可以把各种不同碱基的核苷酸分开？比如这里列的m6A，A，C，G，U？
可以分开

2，positive electrospray ionization mode这是个什么意思，通俗易懂一点。
正离子模式，质谱是检测质核比的仪器因此被检测的离子必须能带电，正离子模式就是让你的检测物带正电荷。

3，质谱对同分异构体怎么区分？比如m6A，和m1A。
同分异构体太宽泛了有的质谱能分开有的分不开，具体取决于分子在质谱中怎么碎裂，同分异构体之间能否产生不同的离子碎片，如果可以就能区分。一般的C18色谱柱可以区分结构不同的同分异构体以及顺反异构体，但是不能区分旋光异构体。

4，是不是理论上质谱可以检测所有的未知物质？比如我的样品中，要是还有不是这5种的其他类型核苷酸，我能知道他是什么吗？
想检测你上面提到的那几种物质你必须要买那几种物质的对照品，根据对照品的色谱行为和质谱行为来建立你的检测方法，文献上的条件只能做个参考，照搬一定会悲剧。
质谱可以检测未知物，但是这是一个非常复杂的问题，几句话讲不清。简单回答就是对于楼主现在的情况来说你可以认为质谱不能检测未知物。

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10楼2014-04-27 11:35:06

普通回帖

wy19871124

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biostar2009: 金币+20, ★有帮助, 迅速有效！ 2014-04-25 14:32:13
biostar2009: 金币+50, ★★★很有帮助, 感谢热心帮助，理解中！ 2014-04-26 19:13:16

positive electrospray ionization mode这是个什么意思，通俗易懂一点。
答：正离子模式，意思是使样品得到一个质子，带上正电荷，生成准分子离子

2楼2014-04-25 14:30:24

wy19871124

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质谱对同分异构体怎么区分？比如m6A，和m1A。
答：对于不同的结构会有不同的裂解方式，根据裂解方式来做以区分

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biostar2009

3楼2014-04-25 14:31:39

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引用回帖:

3楼: Originally posted by wy19871124 at 2014-04-25 14:31:39
质谱对同分异构体怎么区分？比如m6A，和m1A。
答：对于不同的结构会有不同的裂解方式，根据裂解方式来做以区分

核苷酸的结构贴上
质谱会把分子打碎这个我懂一点，
那么，m6A和m1A，比如，在HPLC中会有差异么？
还是说，m6A和m1A一起进入质谱仪，然后再打碎之后，从峰图判断是否存在同分异构体？

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4楼2014-04-25 14:39:00

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高手，你若有图，或许我能更深刻的理解一点。。。

5楼2014-04-25 14:40:06

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1.通过HPLC不同的色谱柱两个化合物可以分开，那个峰是那个化合物可以采用标样对照看Rt确认。
2.而进入质谱后由于化合物具有不同的结构所以其裂解方式不同，质谱图会有差异，根据其碎片离子峰来做以确认。
3.对于顺反异构体，可能质谱无法区别，因为裂解的碎片基本一致，只是丰度稍有差异而已，这个就需要液相做以区分，用手性色谱柱分离开。

6楼2014-04-25 15:41:40

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8楼: Originally posted by chyll9999 at 2014-04-26 10:42:29
LC/MS用ESI离子源，不会产生和EI这么小的碎片离子峰，正离子模式只产生准分离子峰，也就是+、【+等，想要知道碎片的，只能找到母离子，做二级或多级质谱

请问两个问题：
1，ESI离子化时，核苷的糖苷键一定会断裂么？
2，断开之后，核苷的碱基部分有basic site，可以质子化，但核苷的核糖部分可以可以质子化形成pseudo molecular ion，得到MS peak？
见附图
第一个图，是m6G的ESI-MS结果，图中显示m6G（MW 297.2）除了MH+的主峰外，还有BH2（166）的峰，表示在m6G在糖苷键发生了断裂。
第二个图，是一段核苷酸，m2^6Apm2^6pApCpCpUpGp（MW 1989.2），从插图的主峰放大的同位素小峰间隔0.5 Da【是这样算吧？】，得出这是一个z=2的离子，这个离子的m/z=995.68，正好就是这段核苷酸的完整分子量，加两个H，等于这个情况下的核苷酸并没有发生糖苷键断裂。
糖苷键断裂不断裂，是可以人为控制得么？
第一个图中，核苷断裂之后，只看到碱基部分的峰，而核糖没有峰出现，可以理解为核糖没有basic site，无法质子化，是一个中性分子，最终丢掉了么？

一直为搞生物的不懂理化而自惭形愧，一直试图改变这种面貌，无赖搞生物的确实是不同理化而难有进展，望赐教！

m7G.jpg

2m6Ap2m6ApApCpCpUpGp.jpg

9楼2014-04-26 22:23:18