| 查看: 4359 | 回复: 10 | ||||||
biostar2009专家顾问 (正式写手)
|
[求助]
核苷酸质谱 已有1人参与
|
|||||
|
搞生物的，理化基础太差，问几个问题： Nucleosides were separated by reverse phase ultra-performance liquid chromatography on a C18 column with online mass spectrometry detection using Agilent 6410 QQQ triple-quadruple LC mass spectrometer in positive electrospray ionization mode. The nucleosides were quantified using the nucleoside to base ion mass transitions of 282.1/ 150.1 (m6A), 268.1/136.1 (A), 244.1/112.1 (C), 284.1/152.1 (G), and 245.1/113.1 (U). Quantification was performed by comparison with the standard curve obtained from pure nucleoside standards running at the same batch of samples. The ratio of m6A to A was calculated based on the calculated concentrations 这段话大概表面意思我懂，一些具体问题 1，反向HPLC是不是就可以把各种不同碱基的核苷酸分开？比如这里列的m6A，A，C，G，U？ 2，positive electrospray ionization mode这是个什么意思，通俗易懂一点。 3，质谱对同分异构体怎么区分？比如m6A，和m1A。 4，是不是理论上质谱可以检测所有的未知物质？比如我的样品中，要是还有不是这5种的其他类型核苷酸，我能知道他是什么吗？ 比如以下这些类型的分子：  1.jpg  2.jpg  3.jpg  4.jpg |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子生物学技术 |
» 猜你喜欢
奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样
已经有9人回复
-
是这周出结果还是下周出结果？
已经有3人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键
已经有27人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
wy19871124
新虫 (职业作家)
质谱首席顾问
- ACI: 2
- 应助: 551 (博士)
- 金币: 1607.6
- 散金: 959
- 红花: 183
- 帖子: 3052
- 在线: 447.4小时
- 虫号: 1593016
- 注册: 2012-01-31
- 性别: GG
- 专业: 质谱分析
7楼2014-04-25 15:56:31
chyll9999
木虫 (小有名气)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 2577.6
- 红花: 2
- 帖子: 186
- 在线: 101.6小时
- 虫号: 1497169
- 注册: 2011-11-17
- 性别: MM
- 专业: 色谱分析
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
biostar2009: 金币+20, ★★★很有帮助, 有时候看见会出现[M+H]+,[M+Na]+，有时候又只看见只有[M+H]+，这是跟ESI正离子模式时加的溶剂有关么？ 2014-04-26 19:11:17
biostar2009: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-04-29 19:07:55
感谢参与，应助指数 +1
biostar2009: 金币+20, ★★★很有帮助, 有时候看见会出现[M+H]+,[M+Na]+，有时候又只看见只有[M+H]+，这是跟ESI正离子模式时加的溶剂有关么？ 2014-04-26 19:11:17
biostar2009: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-04-29 19:07:55
| LC/MS用ESI离子源，不会产生和EI这么小的碎片离子峰，正离子模式只产生准分离子峰，也就是[M+H]+、【[M+Na]+等，想要知道碎片的，只能找到母离子，做二级或多级质谱 |
8楼2014-04-26 10:42:29
lzhwin
木虫 (正式写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 1977.1
- 散金: 3
- 红花: 2
- 帖子: 489
- 在线: 58.1小时
- 虫号: 481076
- 注册: 2007-12-17
- 性别: GG
- 专业: 植物生理与生化
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
biostar2009: 金币+50, ★★★很有帮助, 很给力！ 2014-04-27 20:52:13
biostar2009: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-04-29 19:08:13
感谢参与，应助指数 +1
biostar2009: 金币+50, ★★★很有帮助, 很给力！ 2014-04-27 20:52:13
biostar2009: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-04-29 19:08:13
|
1，反向HPLC是不是就可以把各种不同碱基的核苷酸分开？比如这里列的m6A，A，C，G，U？ 可以分开 2，positive electrospray ionization mode这是个什么意思，通俗易懂一点。 正离子模式，质谱是检测质核比的仪器因此被检测的离子必须能带电，正离子模式就是让你的检测物带正电荷。 3，质谱对同分异构体怎么区分？比如m6A，和m1A。 同分异构体太宽泛了有的质谱能分开有的分不开，具体取决于分子在质谱中怎么碎裂，同分异构体之间能否产生不同的离子碎片，如果可以就能区分。一般的C18色谱柱可以区分结构不同的同分异构体以及顺反异构体，但是不能区分旋光异构体。 4，是不是理论上质谱可以检测所有的未知物质？比如我的样品中，要是还有不是这5种的其他类型核苷酸，我能知道他是什么吗？ 想检测你上面提到的那几种物质你必须要买那几种物质的对照品，根据对照品的色谱行为和质谱行为来建立你的检测方法，文献上的条件只能做个参考，照搬一定会悲剧。 质谱可以检测未知物，但是这是一个非常复杂的问题，几句话讲不清。简单回答就是对于楼主现在的情况来说你可以认为质谱不能检测未知物。 |
10楼2014-04-27 11:35:06
wy19871124
新虫 (职业作家)
质谱首席顾问
- ACI: 2
- 应助: 551 (博士)
- 金币: 1607.6
- 散金: 959
- 红花: 183
- 帖子: 3052
- 在线: 447.4小时
- 虫号: 1593016
- 注册: 2012-01-31
- 性别: GG
- 专业: 质谱分析
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
biostar2009: 金币+20, ★有帮助, 迅速有效！ 2014-04-25 14:32:13
biostar2009: 金币+50, ★★★很有帮助, 感谢热心帮助，理解中！ 2014-04-26 19:13:16
感谢参与，应助指数 +1
biostar2009: 金币+20, ★有帮助, 迅速有效！ 2014-04-25 14:32:13
biostar2009: 金币+50, ★★★很有帮助, 感谢热心帮助，理解中！ 2014-04-26 19:13:16
|
positive electrospray ionization mode这是个什么意思，通俗易懂一点。 答：正离子模式，意思是使样品得到一个质子，带上正电荷，生成准分子离子 |
2楼2014-04-25 14:30:24
wy19871124
新虫 (职业作家)
质谱首席顾问
- ACI: 2
- 应助: 551 (博士)
- 金币: 1607.6
- 散金: 959
- 红花: 183
- 帖子: 3052
- 在线: 447.4小时
- 虫号: 1593016
- 注册: 2012-01-31
- 性别: GG
- 专业: 质谱分析
【答案】应助回帖
|
质谱对同分异构体怎么区分？比如m6A，和m1A。 答：对于不同的结构会有不同的裂解方式，根据裂解方式来做以区分 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
biostar20093楼2014-04-25 14:31:39
biostar2009
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +220 - 应助: 231 (大学生)
- 金币: 10415.9
- 散金: 387
- 红花: 63
- 帖子: 540
- 在线: 151.9小时
- 虫号: 2811882
- 注册: 2013-11-19
- 专业: 生物化学
- 管辖: 分子生物
4楼2014-04-25 14:39:00
biostar2009
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +220 - 应助: 231 (大学生)
- 金币: 10415.9
- 散金: 387
- 红花: 63
- 帖子: 540
- 在线: 151.9小时
- 虫号: 2811882
- 注册: 2013-11-19
- 专业: 生物化学
- 管辖: 分子生物
5楼2014-04-25 14:40:06
wy19871124
新虫 (职业作家)
质谱首席顾问
- ACI: 2
- 应助: 551 (博士)
- 金币: 1607.6
- 散金: 959
- 红花: 183
- 帖子: 3052
- 在线: 447.4小时
- 虫号: 1593016
- 注册: 2012-01-31
- 性别: GG
- 专业: 质谱分析
6楼2014-04-25 15:41:40
biostar2009
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +220 - 应助: 231 (大学生)
- 金币: 10415.9
- 散金: 387
- 红花: 63
- 帖子: 540
- 在线: 151.9小时
- 虫号: 2811882
- 注册: 2013-11-19
- 专业: 生物化学
- 管辖: 分子生物
|
请问两个问题： 1，ESI离子化时，核苷的糖苷键一定会断裂么？ 2，断开之后，核苷的碱基部分有basic site，可以质子化，但核苷的核糖部分可以可以质子化形成pseudo molecular ion，得到MS peak？ 见附图 第一个图，是m6G的ESI-MS结果，图中显示m6G（MW 297.2）除了MH+的主峰外，还有BH2（166）的峰，表示在m6G在糖苷键发生了断裂。 第二个图，是一段核苷酸，m2^6Apm2^6pApCpCpUpGp（MW 1989.2），从插图的主峰放大的同位素小峰间隔0.5 Da【是这样算吧？】，得出这是一个z=2的离子，这个离子的m/z=995.68，正好就是这段核苷酸的完整分子量，加两个H，等于这个情况下的核苷酸并没有发生糖苷键断裂。 糖苷键断裂不断裂，是可以人为控制得么？ 第一个图中，核苷断裂之后，只看到碱基部分的峰，而核糖没有峰出现，可以理解为核糖没有basic site，无法质子化，是一个中性分子，最终丢掉了么？ 一直为搞生物的不懂理化而自惭形愧，一直试图改变这种面貌，无赖搞生物的确实是不同理化而难有进展，望赐教！  m7G.jpg  2m6Ap2m6ApApCpCpUpGp.jpg |
9楼2014-04-26 22:23:18
